R语言 seqinr包 prepgetannots()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

prepgetannots(seqinr)
prepgetannots()所属R语言包：seqinr

                                        Select annotation lines in an ACNUC database
                                         选择注释行在一个ACNUC的数据库

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function is called before using getAnnot or modifylist with a scan type operation to select the annotation lines to be returned or scanned.
调用此函数在使用前getAnnot或modifylist与scan型的操作选择要返回的注释行或扫描。


用法----------Usage----------


prepgetannots(what = "all", setfor = c("scan", "getannots"),
                       socket = autosocket(), verbose = FALSE)
pga(what = "all", setfor = c("scan", "getannots"),
                       socket = autosocket(), verbose = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：what
the default "all" means that all annotation lines are selected. This can be more specific, see details.
默认的“所有”是指所有的注释行被选中。这可以是更具体地，见详情。


参数：setfor
this is used when what has its default "all" value. The behaviour is different for getAnnot and modifylist with a scan type operation: annotations but not sequences are scanned, but sequences can be returned by getAnnot. The default value is "scan".
这是用来当what有其默认的“所有”的价值。的行为是不同的getAnnot和modifylist与scan类型的操作：注释，但，不扫描序列，但序列可以返回getAnnot。默认值是“扫描”。


参数：socket
an object of class sockconn connecting to an ACNUC server
类的一个对象sockconn连接到一个ACNUC的服务器


参数：verbose
logical, if TRUE mode verbose is on
逻辑，如果真实模式的详细


Details

详细信息----------Details----------

The names of annotation lines in the opened ACNUC database is returned by countfreelists, they are forced to upper case letters by prepgetannots when supplied with the what argument.
名称的注释行在打开的ACNUC数据库的返回countfreelists，他们被迫为大写字母prepgetannots的what参数。

For the EMBL/SWISSPROT format, keys are: ALL, AC, DT, KW, OS, OC, OG, OH,  RN, RC, RP, RX, RA, RG, RT, RL, DR, AH, AS, CC, FH, FT, SQ, SEQ.
对于EMBL / SWISSPROT格式的，钥匙是：ALL，AC，DT，KW，OS，OC，OG，OH，RN，RC，RP，RX，RA，RG，RT，RL，DR，AH，AS，CC， FH，FT，SQ，SEQ。

For GenBank: ALL, ACCESSION, VERSION, KEYWORDS, SOURCE, ORGANISM,  REFERENCE, AUTHORS, CONSRTM, TITLE, JOURNAL, PUBMED, REMARK, COMMENT,  FEATURES, ORIGIN, SEQUENCE.
对于序列，加入，版本，关键字，SOURCE，生物，REFERENCE，香港，CONSRTM，标题，期刊，PUBMED，言论，意见，特点，成因，SEQUENCE。

For FT (embl, swissprot) and FEATURES (GenBank), one or more specific  feature keys can be specified using lines with only uppercase and such as
FT（EMBL，SWISSPROT）和特点（GenBank登录号），一个或多个特定的功能键可以指定使用线，只有大写字母，如

FEATURES|CDS FT|TRNA
特点CDS FT氨酰tRNA

Keys ALL and SEQ/SEQUENCE stand for all annotation and sequence lines, respectively. For the scan operation, key ALL stand for the DE/DEFINITION lines,
按键都主张所有注释和序列线，分别SEQ /序列。扫描操作，按键都站不起来的DE /定义线，


值----------Value----------

The function returns invisibly the annotation lines names.
该函数返回不可见的注释行的名称。


（作者）----------Author(s)----------


J.R. Lobry



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

getAnnot, modifylist, countfreelists
getAnnot，modifylist，countfreelists


实例----------Examples----------


## Not run: # Need internet connection[＃不运行：＃需要互联网连接]
  choosebank("genbank")
  query("mylist","n=AQF16SRRN")
  pga() # We want to scan all annotations, including FEATURES[我们要扫描的所有批注功能，其中包括]
  modifylist("mylist", operation = "strain", type = "scan")
  mylist$nelem # should be 1[应该是1]

## End(Not run)[＃（不执行）]

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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