dist.alignment(seqinr)
dist.alignment()所属R语言包：seqinr
Pairwise Distances from Aligned Protein or DNA/RNA Sequences
成对距不结盟蛋白质或DNA / RNA序列
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
These functions compute a matrix of pairwise distances from aligned sequences using similarity (Fitch matrix, for protein sequences only) or identity matrix (for protein and DNA sequences). The resulting matrix contains the squared root of the pairwise distances. For example, if identity between 2 sequences is 80 the squared root of (1.0 - 0.8) i.e. 0.4472136.
这些函数计算的矩阵的成对距离从对齐使用相似度（Fitch的矩阵，对于蛋白质序列）或单位矩阵（用于蛋白质和DNA序列）的序列。由此产生的基体中含有成对的距离的平方根。例如，如果2个序列之间的同一性是80的平方根（1.0 - 0.8）即0.4472136。
用法----------Usage----------
dist.alignment(x, matrix = c("similarity", "identity"))
参数----------Arguments----------
参数：x
an object of class alignment, as returned by read.alignment for instance
类的一个对象alignment，返回read.alignment
参数：matrix
the matrix distance to be used, partial matching allowed
要使用的矩阵距离，允许部分匹配
值----------Value----------
The distance matrix, object of class dist, computed by using the specified distance measure.
距离矩阵，对象类dist，通过使用指定的距离度量计算。
（作者）----------Author(s)----------
D. Charif and J.R. Lobry
参考文献----------References----------
Fitch, W.M. (1966) An improved method of testing for evolutionary homology. J. Mol. Biol., 16:9-16.<br>
参见----------See Also----------
read.alignment
read.alignment
实例----------Examples----------
myseqs <- read.alignment(file = system.file("sequences/test.mase",
package = "seqinr"), format = "mase")
dist.alignment(myseqs, matrix = "identity" )
as.matrix(dist.alignment(myseqs, matrix = "identity" ))
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。
注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
|
发表于 2012-9-30 01:16:32
