R语言 seqinr包 dinucl()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

dinucl(seqinr)
dinucl()所属R语言包：seqinr

                                         Mean zscore on 242 complete bacterial chromosomes
                                         242完整的细菌染色体上，平均zscore

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This dataset contains the mean zscores as computed on all intergenic sequences (intergenic) and on all CDS (coding) from 242 complete bacterial chromosomes (as retrieved from Genome Reviews database on June 16, 2005).
此数据集包含的平均zscores，计算所有间隔序列（基因间），所有CDS（编码）从242完整的细菌染色体（基因组评价数据库检索2005年6月16日）。


用法----------Usage----------


data(dinucl)



格式----------Format----------

List of two dataframes of 242 chromosomes and 16 dinucleotides: one for intergenic, one for coding sequences.
列表：一对基因间两个dataframes的242条染色体和16个二核苷酸，编码序列。




intergenic the mean of zscore computed with the base
基因间的平均zscore计算base




coding the mean of zscore computed with the codon
编码zscore计算平均值的codon


参考文献----------References----------

are not depleted in light-exposed Prokaryotic genomes. Molecular Biology and Evolution, 23:2214-2219.<br> http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/reprint/23/11/2214<br><br>


参见----------See Also----------

zscore
zscore


实例----------Examples----------


data(dinucl)
par(mfrow = c(2, 2), mar = c(4,4,0.5,0.5)+0.1)
myplot <- function(x){
  plot(dinucl$intergenic[, x], dinucl$coding[, x],
  xlab = "intergenic", ylab = "coding",
  las = 1, ylim = c(-6, 4),
  xlim = c(-3, 3), cex = 0)
  rect(-10,-10,-1.96,10,col="yellow", border = "yellow")
  rect(1.96,-10,10,10,col="yellow", border = "yellow")
  rect(-10,-10,10,-1.96,col="yellow", border = "yellow")
  rect(-10,1.96,10,10,col="yellow", border = "yellow")
  abline(v=0,lty=3)
  abline(h=0,lty=3)
  abline(h=-1.96,lty=2)
  abline(h=+1.96,lty=2)
  abline(v=-1.96,lty=2)
  abline(v=+1.96,lty=2)
  points(dinucl$intergenic[, x], dinucl$coding[, x], pch = 21,
  col = rgb(.1,.1,.1,.5), bg = rgb(.5,.5,.5,.5))
  legend("bottomright", inset = 0.02, legend = paste(substr(x,1,1), "p", substr(x,2,2), " bias", sep = ""), cex = 1.25, bg = "white")
  box()
}
myplot("CT")
myplot("TC")
myplot("CC")
myplot("TT")

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注：
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