R语言 seqCBS包 ScanCBSPlot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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ScanCBSPlot(seqCBS)
ScanCBSPlot()所属R语言包：seqCBS

                                         Main Plotting of the scan statistic segmentation
                                         主要绘制的扫描统计分割

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This is an overall plotting function to display the segmentation for a chromosome
这是一个整体的绘图功能的染色体中显示的分割


用法----------Usage----------


ScanCBSPlot(cases, controls, CBSObj, filename, mainTitle, CIObj=NULL, length.out=10000, localWindow=0.5*10^5, localSeparatePlot=TRUE, smoothF=0.025, xlabScale=10^6, width=12, height=18)



参数----------Arguments----------

参数：cases
The case read positions (should be restricted to a chromosome)
的情况下，读出的位置（应仅限于染色体）


参数：controls
The control read positions (should be restricted to a chromosome)
读取控制位置（应仅限于染色体）


参数：CBSObj
The output object of the ScanCBS function
ScanCBS功能输出对象


参数：filename
The output file names of the plot
输出文件名的图


参数：mainTitle
The title of the plot
图的标题


参数：CIObj
Optional; the Bayesian CI computed by BayesCptCI function
可选的贝叶斯CI计算BayesCptCI功能


参数：length.out
The number of windows to use for the display of smoothed rate estimates
用于平滑速率显示的窗口的数目估计


参数：localWindow
The number of genome locations to show around each of the called change points
基因组中的位置，以显示每个所谓的变化点的周围的数目


参数：localSeparatePlot
Whether to show the local behavior of each change point in a seperate PDF file. Default to TRUE. The output file are the given filename attached with the index and actual location of the change point.
是否显示的本地行为的每一个变化点在一个单独的PDF文件。默认为true。的输出文件是附有索引和实际位置的变化点的给定的文件名。


参数：smoothF
The lowess smoothing factor. The proportion of windows around the current window that affects its smoothed rate estimate
的LOWESS平滑因子。围绕当前窗口的窗口的比例，影响其平滑率估计


参数：xlabScale
The scaling factor of the read positions, often in 10^6, or Mb
读出的位置的缩放因子，常常在10 ^ 6个，或Mb


参数：width
The width of the output graph in inches
以英寸为单位的输出图形的宽度


参数：height
The height of the output graph in inches
以英寸为单位的输出图形的高度


Details

详细信息----------Details----------

This function produces three sub-graphs, showing the segmentation calls, the smoothed rate estimate, and the inferred relative copy number. It is crucial that one seperates the plot for each chromosome. It also makes a zoom-in plot for a region around each of the called change points.
此函数产生三个子图，示出的分割调用，平滑化率的估计，和推断的相对拷贝数。这是非常重要的一个邓演达对每个染色体的图。这也使得每个所谓的变化点的周围的区域的放大的地积。


值----------Value----------

No return object
无返回的对象


（作者）----------Author(s)----------



Jeremy J. shen




参见----------See Also----------

ScanCBS, ScanCBSSimPlot, relCNComp
ScanCBS，ScanCBSSimPlot，relCNComp

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注：
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