R语言 seqCBS包 readSeq()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

readSeq(seqCBS)
readSeq()所属R语言包：seqCBS

                                         Wrapper for managing the reading of different raw data formats
                                         用于管理不同的原始数据格式的阅读包装

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This is a wrapper function. It calls one of the subroutines to reads in a datafile, depending on the format
这是一个包装函数。它调用的子程序读取数据文件，根据格式


用法----------Usage----------


readSeq(filename, formatName)



参数----------Arguments----------

参数：filename
The file name of the data file to be read
要读取的数据文件的文件名


参数：formatName
The format the file is in. Can be either 'Chiang' or 'ELANDPaired'. We recommend using Chiang since this is the minimal required format.
所在的文件的格式可以是“蒋”或“ELANDPaired的”。我们建议使用蒋，因为这是最低限度所需的格式。


Details

详细信息----------Details----------

We recommend using the 'Chiang' format, as used by the datasets of Chiang (2009). This format requires minimal memory and contains all relevant information for this program. It is a table with two columns, first being the chromosome of the mapped read, and the second being the position of the read in the chromosome. One line for each observation. If one has paired read, please use only one of the reads and the mapped location should be the 5'-end.
我们建议使用“蒋介石的格式，所用的清迈（2009年）的数据集。这种格式需要很少的内存，并包含这个程序的所有相关信息。它是一个表有两列，第一染色体映射的读取，和第二即在染色体中的读出的位置。一号线每个观测。如果一个人配对阅读，请只使用一个读取和映射的位置应该是5-端。


值----------Value----------

<table summary="R valueblock"> <tr valign="top"><td>seqF </td> <td> Read position for each read</td></tr> <tr valign="top"><td>seqChr </td> <td> Chromosome of each mapped read</td></tr> </table>
<table summary="R valueblock"> <tr valign="top"> <TD> seqF </ TD> <TD>阅读位置对每个读</ TD> </ TR> <TR VALIGN =“顶“> <TD> seqChr  </ TD> <TD>染色体的每一个对应的读</ TD> </ TR> </ TABLE>


（作者）----------Author(s)----------



Jeremy J. Shen




参考文献----------References----------

Chiang et al., Nature Methods, 2009, Vol.6 No.1

参见----------See Also----------

readSeq, readSeqChiang, readSeqELANDPaired
readSeq，readSeqChiang，readSeqELANDPaired


实例----------Examples----------


# This shows the recommended format, the Chiang data format[这显示了建议的格式，蒋数据格式]
data(JSSim_NormalSim1)
print(head(JSSim_NormalSim1))

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