R语言 altcdfenvs包 read.FASTA.entry()函数中文帮助文档(中英文对照)

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read.FASTA.entry(altcdfenvs)
read.FASTA.entry()所属R语言包：altcdfenvs

                                        Functions to work with FASTA files / connections
                                         职能工作与FASTA格式的文件/连接

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Set of function to work with biological sequences stored in FASTA format.
功能设置，工作FASTA格式存储的生物序列。


用法----------Usage----------


countskip.FASTA.entries(con, linebreaks = 3000)
grep.FASTA.entry(pattern, con, ...)
## S3 method for class 'FASTA'
print(x, ...)
read.FASTA.entry(con, linebreaks = 3000)
read.n.FASTA.entries(con, n, linebreaks = 3000)
read.n.FASTA.entries.split(con, n, linebreaks = 3000)
read.n.FASTA.headers(con, n, linebreaks = 3000)
read.n.FASTA.sequences(con, n, linebreaks = 3000)
skip.FASTA.entry(con, skip, linebreaks = 3000)
write.FASTA(x, file="data.fasta", append = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：append
append to the file (or not)
追加到文件（或不）


参数：con
a connection
连接


参数：file
a file name
文件名


参数：linebreaks
(to optimize the parsing, probably safe to leave it as it is)
（优化分析，可能是安全离开，因为它是）


参数：n
number of entries to read
阅读的条目数


参数：pattern
a pattern (to be passed to the function grep)
一个模式（要传递给函数的grep）


参数：skip
number of entries to skip
跳过的条目数


参数：x
a FASTA sequence object
一个FASTA序列对象


参数：...
optional arguments to be forwarded to the function print or to the function grep
可选参数被转发功能print或功能grep


Details

详情----------Details----------

countskip.FASTA.entries skips the remaining FASTA entries currently remaining in the connection and return the count. grep.FASTA.entry returns the next FASTA entry in the connection that matches a given regular expression. print.FASTA prints a FASTA object. read.FASTA.entry reads the next FASTA entry in the connection. read.n.FASTA.entries reads the n next FASTA entries and returns a list of FASTA objects. read.n.FASTA.entries.split reads the n next FASTA entries and returns a list of two elements: headers and sequences. read.n.FASTA.headers reads the n next FASTA headers. read.n.FASTA.sequences reads the n next FASTA sequences. skip.FASTA.entry skips a given number of FASTA entries. write.FASTA write a FASTA object into a connection.
countskip.FASTA.entries跳过余下的FASTA格式的条目，目前在剩余的连接并返回计数。 grep.FASTA.entry返回一个给定的正则表达式匹配的连接下FASTA格式的条目。 print.FASTA打印一个FASTA对象。 read.FASTA.entry在连接读取下FASTA格式输入。 read.n.FASTA.entries读取n下FASTA格式的条目，并返回一个list的Fasta对象。 read.n.FASTA.entries.split读取n下FASTA格式的条目，并返回一个两个元素的列表：头和序列。 read.n.FASTA.headers读取n下FASTA格式的头，。 read.n.FASTA.sequences读取n下FASTA格式序列。 skip.FASTA.entry跳过给定数量的FASTA格式的条目。 write.FASTA写连接到一个FASTA对象。


值----------Value----------

The value returned depends on the function. See above.
返回的值取决于函数。见上面。


作者（S）----------Author(s)----------


Laurent Gautier



举例----------Examples----------


filename <- system.file("exampleData", "sample.fasta",
                        package="altcdfenvs")
con <- file(filename, open="r")

fasta.seq <- grep.FASTA.entry("NM_001544\\.2", con)
close(con)


print(fasta.seq)

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