R语言 AgiMicroRna包 qcPlots()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

qcPlots(AgiMicroRna)
qcPlots()所属R语言包：AgiMicroRna

                                         Plots for Quality Assessment
                                         图的质量评估

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

It creates BoxPlots, Density Plots, MA plots, RLE plots and hierachical  clustering plots with the sample data set.
它创建盒状图，密度图，主图，RLE的图和分层次聚类图与样本数据集。


用法----------Usage----------


qcPlots(dd,
        offset,
        MeanSignal=TRUE,
        ProcessedSignal=FALSE,
        TotalProbeSignal=FALSE,
        TotalGeneSignal=FALSE,
        BGMedianSignal=FALSE,
        BGUsed=FALSE,
        targets)



参数----------Arguments----------

参数：dd
A uRNAList object containing the ouput from  readMicroRnaAFE  
一个uRNAList对象包含从readMicroRnaAFE将输出


参数：offset
numeric value to add to the intensities before log transforming
数值添加log改造前的强度


参数：MeanSignal
logical, if TRUE "gMeanSignal" is used
逻辑，如果TRUE“gMeanSignal”使用


参数：ProcessedSignal
logical, if TRUE "gProcessedSignal"  is used  
逻辑，如果TRUE“gProcessedSignal”使用


参数：TotalProbeSignal
logical, if TRUE "gTotalProbeSignal" is used
逻辑，如果TRUE“gTotalProbeSignal”使用


参数：TotalGeneSignal
logical, if TRUE "gTotalGeneSignal" is used
逻辑，如果TRUE“gTotalGeneSignal”使用


参数：BGMedianSignal
logical, if TRUE "gBGMedianSignal" is used   
逻辑，如果TRUE“gBGMedianSignal”使用


参数：BGUsed
logical, if TRUE  "gBGUsed" is used  
逻辑，如果TRUE“gBGUsed”使用


参数：targets
data.frame with the target structure   
数据框与目标结构


Details

详情----------Details----------

The signals loaded from the AFE data files can be used for the quality  assesment using the graphical utilities included in the qcPlots function.  For the gMeanSignal, the  BoxPlots, Density Plots, MA plots, RLE plots and hierachical clustering plots are done. For the gProcessedSignal the same  plots are done, except the hierarchical clustering. For the gTotalProbeSignal  and the gTotalGeneSignal only the  BoxPlots and Density Plots are done, and  finally, for the Background signals only the Boxplots are done.   
质量assesment使用qcPlots函数的图形工具，可用于从AFE数据文件加载的信号。对于gMeanSignal的盒状图，密度图，主图，RLE的图，分层次聚类图完成。对于同一图的gProcessedSignal完成后，除层次聚类。唯一的盒状图和密度图，为gTotalProbeSignal的gTotalGeneSignal完成，最后，背景信号的盒状图完成。


作者（S）----------Author(s)----------


Pedro Lopez-Romero



参考文献----------References----------

Cope L., Irizarry R. A., Speed T. P. Quality Assesement of Affymetrix GeneChip Data. In Bioinformatics and Computational Biology Solutions Using R and Bioconductor. (eds.)  Gentleman R., Carey V. J., Huber W., Irizarry R. A., Dudoit S. (2005). Springer.

参见----------See Also----------

boxplotMicroRna,plotDensityMicroRna,RleMicroRna, mvaMicroRna
boxplotMicroRna，plotDensityMicroRna，RleMicroRna，mvaMicroRna


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
data(dd.micro)
qcPlots(dd.micro,offset=5,
                       MeanSignal=TRUE,
                ProcessedSignal=TRUE,
                TotalProbeSignal=TRUE,
                TotalGeneSignal=TRUE,
                BGMedianSignal=TRUE,
                BGUsed=TRUE,
                targets.micro)
graphics.off()


## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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