getDecideTests(AgiMicroRna)
getDecideTests()所属R语言包：AgiMicroRna
Differential expression analysis an multiplicity of the tests
差异表达分析多重测试
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
It Uses the decideTests function of the 'limma' package to classify the list of genes as up, down or not significant after correcting by the multiplicity of the tests.
它使用decideTests“limma包的功能，纠正多重测试后，列为了基因的名单，或不显着。
用法----------Usage----------
getDecideTests(fit2, DEmethod, MTestmethod, PVcut,verbose=FALSE)
参数----------Arguments----------
参数：fit2
MArrayLM object
MArrayLM对象
参数：DEmethod
method for decideTests, only 'separate' or 'nestedF' are implemented. see decideTests in limma package.
方法decideTests，只有独立或nestedF“的实施。看到decideTests的limma在包。
参数：MTestmethod
method for multiple test, choices are 'none','BH', 'BY', ... see p.adjust
多种测试方法，选择“无”，“波黑，靠，...看到p.adjust
参数：PVcut
p value threshold to declare significant features
p值阈值申报显着的特点
参数：verbose
logical, if TRUE prints out output
逻辑，如果TRUE打印出输出
值----------Value----------
A 'TestResults' object of the 'limma' package It prints out the number of UP and DOWN genes for every contrasts according to the p value limit specified
一个“TestResults的”对象“limma包，它打印出的数量和每一个对比的基因根据指定p值上限
作者（S）----------Author(s)----------
Pedro Lopez-Romero
参考文献----------References----------
'Bioinformatics and Computational Biology Solutions using R and Bioconductor'. R. Gentleman, V. Carey, S. Dudoit, R. Irizarry, W. Huber (eds), Springer, New York, pages 397–420.
参见----------See Also----------
An overview of miRNA differential expression analysis is given in basicLimma
miRNA的差异表达分析概述basicLimma
举例----------Examples----------
## Not run: [＃无法运行：]
DE=getDecideTests(fit2,
DEmethod="separate",
MTestmethod="BH",
PVcut=0.10,
verbose=TRUE)
## End(Not run)[＃结束（不运行）]
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发表于 2012-2-25 11:38:27
