R语言 sdef包 Tmc()函数中文帮助文档(中英文对照)

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Tmc(sdef)
Tmc()所属R语言包：sdef

                                        Empirical null distribution of max T(h)
                                         实证空分布的最大T（H）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The function uses Monte Carlo permutations to calculate the empirical distribution of max T(h)=T(hmax) under the null hypothesis of independence among the experiments. An empirical p-value is calculated to evaluate where T(hmax) is located under the null distribution.
该函数使用蒙特卡罗排列计算最大的经验分布T（H）= T（扬程）的零假设下实验之间的独立性。经验p值计算评价在何处T（HMAX）的是位于空分布。


用法----------Usage----------


Tmc(iter = 1000, output.ratio)



参数----------Arguments----------

参数：iter
Number of iteration to be performed
Number of iteration to be performed


参数：output.ratio
The output object from the ratio function
The output object from the ratio function


Details

详细信息----------Details----------

This function uses Monte Carlo permutations to calculate the empirical distribution of the maximum of T(h) (i.e. T(hmax)) under the null hypothesis of independence among the experiments. While the p-values* for the first list are fixed, the ones for the other lists are independently permutate B times. In this way, any relationship among the lists is destroyed. At each permutation b (b varies from 1 to B) a Tb(h) is calculated for each h and a maximum statistic Tb(hmax) is returned; its distribution represents the null distribution of T(hmax) under the condition of independence. The relative frequency of Tb(hmax) larger than T(hmax) identifies the p-value: it returns the proportion of Tb(hmax) from permuted dataset greater than the observed one (so indicates where the observed T(hmax) is located under the null distribution).
此功能使用蒙特卡罗排列的独立性实验的零假设下计算的经验分布的最大的T（H）（即T（HMAX））。是固定的，虽然p-值*为第一个列表的其他列表的那些各自独立地排列替换B倍。以这种方式，任何列表之间的关系被破坏。在每个排列b（二从1变化到B）计算用于每一个H（高）的Tb和最大统计的铽（HMAX）返回，其分布表示零分布T（HMAX）的条件下，独立。的相对频率（HMAX）的Tb大于T（HMAX）的标识的p值：它返回的Tb（HMAX）的比例，从置换后的数据集大于所观察到的（所以表示所观察到的T（HMAX）位于下的空分布）。

* instead of the p-values any other measure used to rank the features in the experiments can be used
p-值*而不是用来排名，在试验中的功能，可以使用任何其他措施


值----------Value----------

Returns the empirical pvalue from testing T(hmax) and a plot of the Tb(hmax) distribution. The same plot is also saved in the directory specified by the user.
返回的经验P值从测试T（扬程）和图的Tb（HMAX）的分布。同样的图也被保存在用户指定的目录中。


（作者）----------Author(s)----------


Alberto Cassese, Marta Blangiardo



参考文献----------References----------




实例----------Examples----------


data = simulation(n=500,GammaA=1,GammaB=1,
r1=0.5,r2=0.8,DEfirst=300,DEsecond=200,
DEcommon=100)
Th<- ratio(data=data$Pval)
MC<- Tmc(iter=100,output.ratio=Th)


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