R语言 scaRabee包 ode.utils()函数中文帮助文档(中英文对照)

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ode.utils(scaRabee)
ode.utils()所属R语言包：scaRabee

                                         Utility Functions for Ordinary Differential Equation Systems
                                         常微分方程系统的效用函数为

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This is a collection of utility functions called by ode.model (and for  some by dde.model when a model defined by ordinary (or delay) differential equations is evaluated. None of these functions is typically  called directly by users.
这是一个实用功能的集合称为ode.model（和一些由dde.model普通股（或延迟）微分方程定义的模型进行评估。没有这些功能通常是直接调用用户。


用法----------Usage----------


  ode.syst(t = NULL,
           y = NULL,
           parms = NULL,
           derparms = NULL,
           codeode = NULL,
           dosing = NULL,
           has.dosing = NULL,
           dose.states = NULL,
           xdata = NULL,
           covdata = NULL,
           scale = NULL,
           check = FALSE)
  create.intervals(xdata = NULL,
                   bolus = NULL,
                   infusion = NULL)
  de.output(f = NULL,
            parms = NULL,
            derparms = NULL,
            codeoutput = NULL,
            dosing = NULL,
            xdata = NULL,
            check = FALSE)
  derived.parms(parms = NULL,
                covdata,
                codederiv = NULL,
                check = FALSE)
  init.cond(parms = NULL,
            derparms = NULL,
            codeic = NULL,
            dosing = NULL,
            check = FALSE)
  input.scaling(parms = NULL,
                derparms = NULL,
                codescale = NULL,
                ic = NULL,
                check = FALSE)
  make.dosing(derparms = NULL,
              bolus = NULL,
              infusion = NULL,
              check = FALSE)
  init.update(a = NULL,
              t = NULL,
              dosing = NULL,
              scale = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：t
A scalar or a vector of numerical time values.
一个标量或矢量的数值的时间值。


参数：y
A vector of system state values.
系统状态值的矢量。


参数：parms
A vector of primary parameters.
一个向量的主要参数。


参数：derparms
A list of derived parameters, specified in the $DERIVED block of code.
一个派生的参数列表中指定的$衍生的代码块。


参数：codeode
The content of the R code specified within the $ODE block  in the model file.
$的ODE块中的模型文件内指定的R代码的内容。


参数：dosing
A data.frame of dosing information created by make.dosing from instantaneous and zero-order inputs into the system and containing the  following columns:     
数据框的剂量信息创建的make.dosing瞬时和零序输入到系统中，包含以下几列：

TIMEDosing event times.  
TIMEDosing事件的时间。

CMTState where the input should be assigned to.  
CMTState在这里输入被分配到。

AMTAmount that should be assigned to system state at the corresponding TIME.  
应分配的AMTAmount到系统state对应的TIME。

RATERate of input that should be assigned to system CMT at  the corresponding TIME. See  vignette('scaRabee',package='scaRabee') for more details about the interpolation of the input rate at time not specified in dosing.  
输入应被分配到系统CMT对应的TIMERATERate的。见vignette('scaRabee',package='scaRabee')更详细的输入速率的插补时未指定dosing。

TYPEAn indicator of the type of input. TYPE is set to 1 if the record in dosing correspond an original bolus input; it is  set to 0 otherwise.     
的输入类型TYPEAn指标。 TYPE设置为1，如果记录在dosing对应的原丸输入设置，否则为0。


参数：has.dosing
A logical variable, indicating whether any input has to be assigned to a system state.
一个逻辑变量，表示任何输入是否有被分配到一个系统状态。


参数：dose.states
A vector of integers, indicating in which system state one or more doses have to be assigned to.
的向量的整数，表示要分配给在该系统中的状态的一个或多个剂量。


参数：xdata
A vector of times at which the system is being evaluated.
被评估系统的倍的向量。


参数：check
An indicator whether checks should be performed to validate  function inputs
一个指标，是否应进行检查，以验证输入功能


参数：bolus
bij x 4 data.frame providing the instantaneous inputs for a  treatment and individual.
BIJ×4的数据框提供的治疗和个人的瞬时输入。


参数：infusion
fij x (4+c) data.frame providing the zero-order inputs for a treatment and individual.
FIJ×（4 + c的）数据框提供零阶的输入处理和个人。


参数：f
A matrix of time (first row) and system predictions. In the  de.output function, the first row is deleted so that f has the same number of rows as in dadt defined in the $ODE or $DDE block.
矩阵的时间（第一行）和系统预测的。在de.output函数中，第一行被删除，使得fdadt在$ ODE或$ DDE块定义具有相同的行数。


参数：codeoutput
The content of the R code specified within the $OUTPUT block  in the model file.
$ OUTPUT块中的模型文件内指定的R代码的内容。


参数：covdata
A matrix of covariate data extracted from the dataset.
矩阵的协变量数据中提取的数据集。


参数：codederiv
The content of the R code specified within the $DERIVED block  in the model file.
的R代码内源性块在模型文件中指定的内容。


参数：codeic
The content of the R code specified within the $IC block in the  model file.
美元的IC块中的模型文件内指定的R代码的内容。


参数：codescale
The content of the R code specified within the $SCALE block  in the model file.
美元的规模在模型文件中块内指定的R代码的内容。


参数：ic
A vector of initial conditions, typically returned by init
一个向量的初始条件，通常返回的init


参数：scale
A vector of system scale, typically returned by  input.scaling
系统规模的向量，通常返回的input.scaling


参数：a
A vector of system state values, similar to y.
系统状态值的矢量，类似y。


Details

详细信息----------Details----------

ode.syst is the function which actually evaluates the system of ordinary differential equations specified in the $ODE block.
ode.syst的功能是评估系统的指定在ODE块中的常微分方程。

create.intervals is a function that allows the overall integration  interval to be split into sub-intervals based upon dosing history. This allows for the exact implementation of bolus inputs into the system. It determines the number of unique bolus dosing events there is by system state  in dosing. It then creates the sub-intervals using these unique event  times. If the first dosing events occurs after the first observation time, an  initial sub-interval is added.
create.intervals是一个功能，允许的全面整合被分裂成间隔的时间间隔，根据剂量的历史。这允许到系统中的大丸剂输入的精确实现。它决定了独特的静脉推注给药事件是由系统状态dosing。然后，它创建使用这些独特事件的时间间隔。如果第一次给药事件发生后的第一观察时间，初始子间隔被添加。

de.output is the function which evaluates the code specified in the  $OUTPUT block and, thus, defines the output of the model.
de.output是评估$ OUTPUT块中指定的代码，因此，定义了该模型的输出的功能。

derived.parms is the function which evaluates the code provided in the $DERIVED block and calculate derived parameters.
derived.parms的功能是，提供在源性块中的代码进行评估和计算派生参数。

init.cond is the function which evaluates the code provided in the $IC block, and, thus, defines the initial conditions of the system.
init.cond是评估$ IC块中所提供的代码的功能，并且，因此，定义了系统的初始条件。

input.scaling is the function which evaluates the code provided in the $SCALE block, and, thus, defines how system inputs are scaled.
input.scaling是评估提供$ SCALE块中的代码的功能，并且，因此，定义了如何进行缩放系统输入。

make.dosing is the function which processes the instantaneous and  zero-order inputs provided in the dataset and creates the dosing  object.
make.dosing的功能是处理的瞬时和零输入的数据集，并创建dosing对象。

init.update is a function that updates the system states at the  beginning of each integration interval created by create.intervals to  provide an exact implementation of bolus inputs into the system.
init.update是一个函数，更新系统状态，创建的create.intervals提供一个确切的实施丸输入到系统中的每个积分区间开始。


（作者）----------Author(s)----------



Sebastien Bihorel (<a href="mailto:sb.pmlab@gmail.com">sb.pmlab@gmail.com</a>)




参见----------See Also----------

dde.model
dde.model

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注：
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