R语言 affy包 rma()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

rma(affy)
rma()所属R语言包：affy

                                        Robust Multi-Array Average expression measure
                                         强大的多阵列平均表达措施

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function converts an AffyBatch object into an ExpressionSet object using the robust multi-array average (RMA) expression measure.
这个函数转换成一个AffyBatch使用的强大的多阵列平均（RMA）的表达措施的对象ExpressionSet对象。


用法----------Usage----------


rma(object, subset=NULL, verbose=TRUE, destructive=TRUE, normalize=TRUE,
    background=TRUE, bgversion=2, ...)



参数----------Arguments----------

参数：object
an AffyBatch object.
AffyBatch对象。


参数：subset
a character vector with the the names of the probesets to be used in expression calculation.
与特征向量的probesets在计算表达式中使用的名称。


参数：verbose
logical value. If TRUE, it writes out some messages indicating progress. If FALSE nothing should be printed.
逻辑值。如果TRUE，写出一些消息表明进展。如果FALSE不应该被打印。


参数：destructive
logical value. If TRUE, works on the PM matrix in place as much as possible, good for large datasets.
逻辑值。如果TRUE，工作到位，尽可能，为大型数据集上下午矩阵。


参数：normalize
logical value. If TRUE, normalize data using quantile normalization.
逻辑值。如果TRUE，数据位数标准化标准化。


参数：background
logical value. If TRUE, background correct using RMA background correction.
逻辑值。如果TRUE，背景的正确使用RMA背景校正。


参数：bgversion
integer value indicating which RMA background to use 1: use background similar to pure R rma background given in affy version 1.0 - 1.0.2 2: use background similar to pure R rma background given in affy version 1.1 and above
整数值，表示RMA的背景使用1：使用背景类似纯ŕRMA背景在affy 1.0版本 -  1.0.2 2：使用纯ŕRMA背景中affy版本1.1及以上类似背景


参数：...
further arguments to be passed (not currently implemented - stub for future use).
进一步被传递的参数（目前尚未实施 - 以供将来使用存根）。


Details

详情----------Details----------

This function computes the RMA (Robust Multichip Average) expression measure described in Irizarry et al Biostatistics (2003).
此函数计算的RMA（鲁棒多芯片平均）Irizarry等生物统计（2003年）中描述的表达措施。

Note that this expression measure is given to you in log base 2 scale. This differs from most of the other expression measure methods.
请注意，这个表达式措施log碱基2规模。这不同于大多数其他表达测量方法。

Please note that the default background adjustment method was changed during the lead up to the Bioconductor 1.2 release. This means that this function and expresso should give results that directly agree.
请注意，默认背景的调整方法是在带头改变Bioconductor 1.2版本。这意味着，这个功能和expresso应给予直接同意的结果。


值----------Value----------

An ExpressionSet
ExpressionSet


作者（S）----------Author(s)----------


Ben Bolstad <a href="mailto:bmb@bmbolstad.com">bmb@bmbolstad.com</a>



参考文献----------References----------





参见----------See Also----------

expresso
expresso


举例----------Examples----------


if (require(affydata)) {
  data(Dilution)
  eset <- rma(Dilution)
}

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