mouseTissue(SASPECT)
mouseTissue()所属R语言包：SASPECT
LC MS/MS Data from Mouse Model
LC MS / MS数据的小鼠模型
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
An Example data for package SASPECT
示例数据包SASPECT
用法----------Usage----------
data(mouseTissue)
Details
详细信息----------Details----------
This data example is from the mouse study described in Whiteaker et. al. 2007.
该数据的例子是从小鼠的研究中描述的Whiteaker等。人。 2007年。
值----------Value----------
mouseTissue is a list of four components: <table summary="R valueblock"> <tr valign="top"><td>peptideData</td> <td> a list of two numeric matrices, PeptideCount and PeptideConfidence. The columns correspond to 20 LC-MS/MS experiments, and rows correspond to 333 peptides. PeptideCount records the total spectral counts of each peptide in each experiment. PeptideConfidence tracks the highest PeptideProphet score of each peptide identification in each experiment in the database search procedure.</td></tr> <tr valign="top"><td>pep.set</td> <td> a character vector of length 333, recording the peptide IDs.</td></tr> <tr valign="top"><td>pep.pro.name</td> <td> a character matrix consisting of 15579 rows and 2 columns. The first column is a vector of mouse protein IDs (IPI numbers), while the second column gives the names of the peptides matching to the mouse proteins in the first column.</td></tr> <tr valign="top"><td>run.group.info</td> <td> a data frame consiting of 2 rows and 2 columns, which indicates the case status and the sample size of each group.</td></tr> </table>
mouseTissue是一个四部分组成：<table summary="R valueblock"> <tr valign="top"> <TD>peptideData </ TD> <td>一个列表两个数字矩阵PeptideCount和PeptideConfidence。列对应于20的LC-MS/MS实验中，行对应于333肽。 PeptideCount记录在每个实验的每种肽的总光谱计数。 PeptideConfidence跟踪PeptideProphet得分最高的在每个实验中的每个肽识别数据库中的搜索程序。</ TD> </ TR> <tr valign="top"> <TD>pep.set</ TD <td>一个字符向量的长度为333，记录的肽的ID。</ TD> </ TR> <tr valign="top"> <TD> pep.pro.name</ TD> <td>一个字符点阵组成的15579行和第2列。第一列是一个向量的小鼠蛋白标识（IPI号码），而第二列给出匹配鼠标蛋白的肽，在第一列中的名称</ TD> </ TR> <数VALIGN =“顶端” > <TD> run.group.info </ TD> <td>一个的数据框consiting 2行2列，这表明情况下，状态和各组的样本量。</ TD> </ TR> </表>
参考文献----------References----------
Whiteaker, J. R., Zhang, H., Zhao, L., Wang, P., Kelly-Spratt, K. S., Ivey, R. G., Piening, B. D., Feng, L., Kasarda, E., Gurley, K. E., Eng, J. K., Chodosh, L. A., Kemp, C. J., McIntosh, M. W., Paulovich, A. G (2007) Integrated Pipeline for Mass Spectrometry-Based Discovery and Confirmation of Biomarkers Demonstrated in a Mouse Model of Breast Cancer. J. Proteome Res., 6(10); 3962-3975.
Wang, P., Liu, Y., McIntosh, M. W., Paulovich, A. G (2008) Significant analysis for comparative proteomics studies using label free LC-MS/MS experiments.
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发表于 2012-9-29 22:20:48
