R语言 affy包 normalize.quantiles.robust()函数中文帮助文档(中英文对照)

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normalize.quantiles.robust(affy)
normalize.quantiles.robust()所属R语言包：affy

                                        Robust Quantile Normalization
                                         鲁棒位数标准化

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Using a normalization based upon quantiles, this function
此功能使用后位数为基础的标准化，


用法----------Usage----------


    normalize.AffyBatch.quantiles.robust(abatch,
                                         type = c("separate","pmonly","mmonly","together"),
                                         weights = NULL,
                                         remove.extreme = c("variance","mean","both","none"),
                                         n.remove = 1, use.median = FALSE,
                                         use.log2 = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：abatch
an AffyBatch object.
AffyBatch对象。


参数：type
a string specifying how the normalization should be applied. See details for more.
一个字符串，指定应如何标准化。看到更多的细节。


参数：weights
a vector of weights, one for each chip.
一个权重向量，每个芯片之一。


参数：remove.extreme
if weights is NULL, then this will be used for determining which chips to remove from the calculation of the normalization distribution. See details for more info.
如果重量是NULL，那么这将被用于确定哪些芯片从标准化分布计算。看到更多的细节。


参数：n.remove
number of chips to remove.
芯片数量删除。


参数：use.median
if TRUE, the use the median to compute normalization chip; otherwise uses a weighted mean.
如果为TRUE，使用中位数计算标准化芯片;否则使用一个加权平均。


参数：use.log2
work on log2 scale. This means we will be using the geometric mean rather than ordinary mean.
工作log2对数值。这意味着我们将要使用的几何平均数，而不是普通的平均。


Details

详情----------Details----------

This method is based upon the concept of a quantile-quantile  plot extended to n dimensions. Note that the matrix is of intensities not log intensities. The function performs better with raw intensities.
此方法是根据n维扩展到1位数位数图的概念。请注意，矩阵是强度不登录强度。该函数执行与原始强度更好。

Choosing variance will remove chips with variances much higher or lower than the other chips, mean removes chips with the mean most different from all the other means, both removes first extreme variance and then an extreme mean. The option none does not remove any chips, but will assign equal weights to all chips.
选择方差将删除差异远高于或低于其他芯片的芯片，意味着删除与平均最所有其他手段从不同的芯片，同时删除第一个极端的变异，然后一个极端的平均值。选项没有不删除任何芯片，但将所有芯片分配平等权。

The type argument should be one of "separate","pmonly","mmonly","together" which indicates whether to normalize only one probe type (PM,MM) or both together or separately.
类型参数应该是一个"separate","pmonly","mmonly","together"这表明是否只有一个探针类型（PM，MM）或一起或单独标准化。


值----------Value----------

a matrix of normalized intensities
一个归强度矩阵


注意----------Note----------

This function is still experimental.
此功能仍处于实验阶段。


作者（S）----------Author(s)----------


Ben Bolstad, <a href="mailto:bmb@bmbolstad.com">bmb@bmbolstad.com</a>



参见----------See Also----------

normalize, normalize.quantiles
normalize，normalize.quantiles

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