R语言 affy包 normalize.loess()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

normalize.loess(affy)
normalize.loess()所属R语言包：affy

                                        Scale microarray data
                                         大规模芯片数据

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Normalizes arrays using loess.
规范化使用黄土的阵列。


用法----------Usage----------


normalize.loess(mat, subset = sample(1dim(mat)[1]), min(c(5000,
                 nrow(mat)))), epsilon = 10^-2, maxit = 1, log.it =
                 TRUE, verbose = TRUE, span = 2/3, family.loess =
                 "symmetric")
normalize.AffyBatch.loess(abatch,type=c("together","pmonly","mmonly","separate"), ...)



参数----------Arguments----------

参数：mat
a matrix with columns containing the values of the chips to normalize.
用含有芯片的值标准化列的矩阵。


参数：abatch
an AffyBatch object.
AffyBatch对象。


参数：subset
a subset of the data to fit a loess to.
适合黄土到的数据的一个子集。


参数：epsilon
a tolerance value (supposed to be a small value - used as a stopping criterion).
公差值（应该是一个很小的值 - 作为停止准则）。


参数：maxit
maximum number of iterations.
最大迭代次数。


参数：log.it
logical. If TRUE it takes the log2 of mat
逻辑。如果TRUEmat的的log2


参数：verbose
logical. If TRUE displays current pair of chip being worked on.
逻辑。 TRUE如果显示芯片的电流对工作。


参数：span
parameter to be passed the function loess
参数被传递函数loess


参数：family.loess
parameter to be passed the function loess. "gaussian" or "symmetric" are acceptable values for this parameter.
参数被传递函数loess。 "gaussian"或"symmetric"此参数可接受的值。


参数：type
A string specifying how the normalization should be applied. See details for more.
一个字符串，指定应如何标准化。看到更多的细节。


参数：...
any of the options of normalize.loess you would like to modify (described above).
任何normalize.loess选择你想修改（如上所述）。


Details

详情----------Details----------

The type argument should be one of "separate","pmonly","mmonly","together" which indicates whether to normalize only one probe type (PM,MM) or both together or separately.
类型参数应该是一个"separate","pmonly","mmonly","together"这表明是否只有一个探针类型（PM，MM）或一起或单独标准化。


参见----------See Also----------

normalize
normalize


举例----------Examples----------


if (require(affydata)) {
  #data(Dilution)[数据（稀释）]
  #x &lt;- pm(Dilution[,1:3])[X < - 下午（稀释[1:3]）]
  #mva.pairs(x)[mva.pairs（X）]
  #x &lt;- normalize.loess(x,subset=1:nrow(x))[X < -  normalize.loess（X = 1的子集：NROW（X））]
  #mva.pairs(x)[mva.pairs（X）]
}

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