R语言 samr包 samr.assess.samplesize.plot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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samr.assess.samplesize.plot(samr)
samr.assess.samplesize.plot()所属R语言包：samr

                                        Make a plot of the results from samr.assess.samplesize
                                         一个图的结果samr.assess.samplesize

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Plots of the results from samr.assess.samplesize
图解的结果从samr.assess.samplesize


用法----------Usage----------


samr.assess.samplesize.plot(samr.assess.samplesize.obj, logx=TRUE,
call.win.metafile=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：samr.assess.samplesize.obj
Object returned from call to samr.assess.samplesize
返回的对象调用samr.assess.samplesize


参数：logx
Should logs be used on the horizontal (\# of genes) axis? Default TRUE
如果log上的水平轴（\＃的基因）中使用？默认为true


参数：call.win.metafile
Used by Excel interface
使用Excel界面


Details

详细信息----------Details----------


（作者）----------Author(s)----------


Jun Li and Balasubrimanian Narasimhan and Robert Tibshirani



参考文献----------References----------

Significance analysis of microarrays applied to the ionizing radiation response"  PNAS 2001 98: 5116-5121, (Apr 24). http://www-stat.stanford.edu/~tibs/sam

实例----------Examples----------


#generate some example data[产生一些示例数据]
set.seed(100)
x<-matrix(rnorm(1000*20),ncol=20)
dd<-sample(1:1000,size=100)

u<-matrix(2*rnorm(100),ncol=10,nrow=100)
x[dd,11:20]<-x[dd,11:20]+u

y<-c(rep(1,10),rep(2,10))

data=list(x=x,y=y, geneid=as.character(1:nrow(x)),
genenames=paste("g",as.character(1:nrow(x)),sep=""), logged2=TRUE)

log2=function(x){log(x)/log(2)}

# run SAM first[首先运行SAM]
samr.obj<-samr(data,  resp.type="Two class unpaired", nperms=100)

# assess current sample size (20), assuming 1.5fold difference on the log base 2 scale[评估目前的样本量（20），假设2为底规模1.5fold差异]

samr.assess.samplesize.obj<- samr.assess.samplesize(samr.obj, data, log2(1.5))

samr.assess.samplesize.plot(samr.assess.samplesize.obj)

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