expresso(affy)
expresso()所属R语言包：affy
From raw probe intensities to expression values
从原材料探针强度表达式的值
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Goes from raw probe intensities to expression values
从原材料探针强度去表达值
用法----------Usage----------
expresso(
afbatch,
# background correction
bg.correct = TRUE,
bgcorrect.method = NULL,
bgcorrect.param = list(),
# normalize
normalize = TRUE,
normalize.method = NULL,
normalize.param = list(),
# pm correction
pmcorrect.method = NULL,
pmcorrect.param = list(),
# expression values
summary.method = NULL,
summary.param = list(),
summary.subset = NULL,
# misc.
verbose = TRUE,
widget = FALSE)
参数----------Arguments----------
参数：afbatch
an AffyBatch object.
AffyBatch对象。
参数：bg.correct
a boolean to express whether background correction is wanted or not.
一个布尔值表示是否被通缉或没有背景校正。
参数：bgcorrect.method
the name of the background adjustment method.
的背景下调整方法的名称。
参数：bgcorrect.param
a list of parameters for bgcorrect.method (if needed/wanted).
为bgcorrect.method参数列表（如果需要/想要）。
参数：normalize
normalization step wished or not.
标准化的第一步愿意与否。
参数：normalize.method
the normalization method to use.
标准化的使用方法。
参数：normalize.param
a list of parameters to be passed to the normalization method (if wanted).
一个参数列表被传递到标准化的方法（如果想）。
参数：pmcorrect.method
the name of the PM adjustment method.
下午调整方法的名称。
参数：pmcorrect.param
a list of parameters for pmcorrect.method (if needed/wanted).
为pmcorrect.method参数列表（如果需要/想要）。
参数：summary.method
the method used for the computation of expression values.
该方法用于计算表达式的值。
参数：summary.param
a list of parameters to be passed to the summary.method (if wanted).
summary.method（如果想）要传递给一个参数列表。
参数：summary.subset
a list of 'affyids'. If NULL, an expression summary value is computed for everything on the chip.
一个“affyids列表。如果NULL，表达汇总值计算芯片上的一切。
参数：verbose
logical value. If TRUE, it writes out some messages.
逻辑值。如果TRUE，写了一些消息。
参数：widget
a boolean to specify the use of widgets (the package tkWidget is required).
一个布尔值指定部件（包tkWidget）的使用。
Details
详情----------Details----------
Some arguments can be left to NULL if the widget=TRUE. In this case, a widget pops up and let the user choose with the mouse. The arguments are: AffyBatch, bgcorrect.method, normalize.method, pmcorrect.method and summary.method.
一些参数可以留下来NULL如果widget=TRUE。在这种情况下，一个部件弹出，并让用户选择用鼠标。参数是：AffyBatch，bgcorrect.method，normalize.method，pmcorrect.method和summary.method。
For the mas 5.0 and 4.0 methods ones need to normalize after obtaining expression. The function affy.scalevalue.exprSet does this.
为MAS 5.0和4.0的方法也需要标准化后获得表达。功能affy.scalevalue.exprSet这。
For the Li and Wong summary method notice you will not get the same results as you would get with dChip. dChip is not open source so it is not easy to reproduce. Notice also that this iterative algorithm will not always converge. If you run the algorithm on thousands of probes expect some non-convergence warnings. These are more likely when few arrays are used. We recommend using this method only if you have 10 or more arrays. Please refer to the fit.li.wong help page for more details.
对于李和黄的简易方法通知你不会得到相同的结果，你会得到与dChip。 dChip不是开源的，所以它是不容易重现。还请注意，这个迭代算法不会总是收敛。如果您运行的算法上成千上万的探针期望一些不衔接的警告。这些更有可能很少阵列时使用。我们建议使用此方法，如果你有10个或更多阵列。请参阅fit.li.wong帮助页的详细信息。
值----------Value----------
An object of class ExpressionSet, with an attribute pps.warnings as returned by the method computeExprSet.
类对象ExpressionSet属性pps.warnings的方法computeExprSet返回。
参见----------See Also----------
AffyBatch
AffyBatch
举例----------Examples----------
if (require(affydata)) {
data(Dilution)
eset <- expresso(Dilution, bgcorrect.method="rma",
normalize.method="constant",pmcorrect.method="pmonly",
summary.method="avgdiff")
##to see options available for bg correction type:[＃看到BG校正类型的选项：]
bgcorrect.methods()
}
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发表于 2012-2-25 11:25:59
