R语言 saemix包 saemixModel()函数中文帮助文档(中英文对照)

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saemixModel(saemix)
saemixModel()所属R语言包：saemix

                                         Function to create a SaemixModel object
                                         函数来创建一个SaemixModel对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function creates a SaemixModel object. The two mandatory arguments are the name of a R function computing the model in the SAEMIX format (see details and examples) and a matrix psi0 giving the initial estimates of the fixed parameters in the model, with one row for the population mean parameters and one row for the covariate effects (see documentation).
这函数创建一个SaemixModel的对象。两个强制参数计算模型，在SAEMIX格式（查看详细信息和例子）和矩阵Psi0成为提供固定模型中的参数的初步估计的R函数的名称，与一列的人口，是指参数和一个行协变量的影响（参见文档）。


用法----------Usage----------


saemixModel(model, psi0, description = "", error.model = character(),
  transform.par = numeric(), fixed.estim = numeric(),
  covariate.model = matrix(nrow = 0, ncol = 0),
  covariance.model = matrix(nrow = 0, ncol = 0),
  omega.init = matrix(nrow = 0, ncol = 0), error.init = numeric(),
  name.modpar = character())



参数----------Arguments----------

参数：model
name of the function used to compute the structural model. The function should return a vector of predicted values given a matrix of individual parameters, a vector of indices specifying which records belong to a given individual, and a matrix of dependent variables (see example below).
名称使用的函数计算的结构模型。该函数应该返回一个向量的预测值，各个参数的矩阵，向量的索引指定的记录属于某一个人，和因变量矩阵（见下面的例子）。


参数：psi0
a matrix with a number of columns equal to the number of parameters in the model, and one (when no covariates are available) or two (when covariates enter the model) giving the initial estimates for the fixed effects. The column names of the matrix should be the names of the parameters in the model, and will be used in the plots and the summaries. When only the estimates of the mean parameters are given, psi0 may be a named vector.
一个矩阵的列数等于模型中的参数的数目，（当没有协变量是可用的）或两个（当协变量输入模型）给出固定效应的初步估计。矩阵的列名应该是在模型中的参数的名称，并且将用于在图和摘要。仅当给出的平均参数的估计，Psi0成为可能是一个命名的矢量。


参数：description
a character string, giving a brief description of the model or the analysis
一个字符串，使模型的简要描述或分析


参数：error.model
type of residual error model (valid types are constant, proportional, combined and exponential). Defaults to constant
残差模型（有效的类型是不变的，比例，组合和指数）的类型。默认为常数


参数：transform.par
the distribution for each parameter (0=normal, 1=log-normal, 2=probit, 3=logit). Defaults to a vector of 1s (all parameters have a log-normal distribution)
分配的每个参数（0 =正常，1 =登录正常，2 =概率，3 =罗吉特）。默认为1的向量（所有参数都具有对数正态的分布）


参数：fixed.estim
whether parameters should be estimated (1) or fixed to their initial estimate (0). Defaults to a vector of 1s
参数是否应该进行估计（1）或固定到它们的初始估计值（0）。默认为1的向量


参数：covariate.model
a matrix giving the covariate model. Defaults to no covariate in the model
矩阵提供的协变量模型。默认为没有协变量在模型中


参数：covariance.model
a square matrix of size equal to the number of parameters in the model, giving the variance-covariance matrix of the model: 1s correspond to estimated variances (in the diagonal) or covariances (off-diagonal elements). Defaults to the identity matrix
模型中的参数的数目的大小相等的正方形矩阵，使模型的方差 - 协方差矩阵：1秒对应于估计的方差（在对角线上）或协方差（非对角（off-diagonal）元素）。默认的身份矩阵


参数：omega.init
a square matrix of size equal to the number of parameters in the model, giving the initial estimate for the variance-covariance matrix of the model. Defaults to the identity matrix
模型中的参数的数目的大小相等的正方形矩阵，给出的初始估计的方差 - 协方差矩阵的模型。默认的身份矩阵


参数：error.init
a vector of size 2 giving the initial value of a and b in the error model. Defaults to 1 for each estimated parameter in the error model
的矢量大小为2的a和b的误差模型中给出的初始值。默认设置为1，每个参数估计中的误差模型


参数：name.modpar
names of the model parameters, if they are not given as the column names (or names) of psi0
的模型参数的名称，如果他们没有给出的列名（或名称）Psi0成为


Details

详细信息----------Details----------

This function is the user-friendly constructor for the SaemixModel object class.
此功能是用户友好的SaemixModel对象类的构造函数。


值----------Value----------

A SaemixModel object (see saemixModel).
一个SaemixModel对象（见saemixModel“）。


（作者）----------Author(s)----------


Emmanuelle Comets <emmanuelle.comets@inserm.fr>, Audrey Lavenu, Marc Lavielle.




参考文献----------References----------


Monolix32_UsersGuide.pdf (http://software.monolix.org/sdoms/software/)

参见----------See Also----------

SaemixData,SaemixModel, saemixControl,saemix
SaemixData，SaemixModel，saemixControl，saemix


实例----------Examples----------


model1cpt<-function(psi,id,xidep) {
          dose<-xidep[,1]
          tim<-xidep[,2]  
          ka<-psi[id,1]
          V<-psi[id,2]
          CL<-psi[id,3]
          k<-CL/V
          ypred<-dose*ka/(V*(ka-k))*(exp(-k*tim)-exp(-ka*tim))
          return(ypred)
}

saemix.model<-saemixModel(model=model1cpt,
  description="One-compartment model with first-order absorption",
  psi0=matrix(c(1.,20,0.5,0.1,0,-0.01),ncol=3, byrow=TRUE,
  dimnames=list(NULL, c("ka","V","CL"))),transform.par=c(1,1,1),
  covariate.model=matrix(c(0,1,0,0,0,0),ncol=3,byrow=TRUE),fixed.estim=c(1,1,1),
  covariance.model=matrix(c(1,0,0,0,1,0,0,0,1),ncol=3,byrow=TRUE),
  omega.init=matrix(c(1,0,0,0,1,0,0,0,1),ncol=3,byrow=TRUE),error.model="constant")

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