R语言 s4vd包 BCheatmap()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

BCheatmap(s4vd)
BCheatmap()所属R语言包：s4vd

                                         Overlap Heatmap for the visualization of overlapping biclusters
                                         用于可视化的重叠biclusters重叠热图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Heatmap function to plot biclustering results. Overlapping biclusters are indicated by colored rectangles.
热图功能来绘制双分群结果。重叠的biclusters都表示颜色的矩形。


用法----------Usage----------


BCheatmap(X, res, cexR = 1.5, cexC = 1.25, axisR = FALSE, axisC= TRUE, heatcols = diverge_hcl(12, h = c(260, 0), c = 80, l = c(30, 100)
                  , power = 1.5, gamma = 2.4, fixup =  TRUE), clustercols = rainbow_hcl(res@Number, c = 100,l = 50),
                  allrows = FALSE, allcolumns = TRUE)




参数----------Arguments----------

参数：X
the data matrix   
数据矩阵


参数：res
the biclustering result
双分群结果


参数：cexR
relativ font size of the row labels  
相对论行标签的字体大小


参数：cexC
relativ font size of the column labels
相对论的列标签的字体大小


参数：axisR
if TRUE the row labels will be plotted
如果真行标签将被绘制


参数：axisC
if TRUE the column labels will be plotted
如果为true，列标签将被绘制


参数：heatcols
a character vector specifing the heatcolors  
字符矢量specifing的heatcolors的


参数：clustercols
a character vector specifing the colors of the rectangles that indicate the rows and columns that belong to a bicluster
字符向量specifing表明，属于一个bicluster的的行和列的矩形的颜色


参数：allrows
if FALSE only the rows assigned to any bicluster will be plotted
，如果FALSE行分配给任何bicluster的绘制


参数：allcolumns
if FALSE only the columns assigned to any bicluster will be plotted
如果为FALSE仅列分配给任何bicluster的，将被绘制


（作者）----------Author(s)----------



Martin Sill \
<a href="mailto:m.sill@dkfz.de">m.sill@dkfz.de</a>




实例----------Examples----------


#lung cancer data set   Bhattacharjee et al. 2001[肺癌的数据集巴塔查尔吉等。 2001年]
data(lung200)
set.seed(12)
res1 <- biclust(lung200,method=BCs4vd(),pcerv=.5,pceru=0.01,ss.thr=c(0.6,0.65)
,start.iter=3,size=0.632,cols.nc=TRUE,steps=100,pointwise=TRUE
,merr=0.0001,iter=100,nbiclust=10,col.overlap=FALSE)
BCheatmap(lung200,res1)

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注：
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