R语言 affyQCReport包 affyQAReport()函数中文帮助文档(中英文对照)

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affyQAReport(affyQCReport)
affyQAReport()所属R语言包：affyQCReport

                                         Generate a QA Report for Affymetrix arrays
                                         Affymetrix公司的阵列产生的QA报告

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

These functions provide a method for creating, viewing and removing QA reports on an experiment run on Affymetrix CEL files.
这些功能提供了创建，查看和删除的QA报告，在Affymetrix CEL文件运行一个实验的方法。


用法----------Usage----------


affyQAReport(affyB, output = "pdf", outdir = file.path(getwd(), "affyQA"),
       overwrite = FALSE, repName)
rmQAReport(x)
openQAReport(x)



参数----------Arguments----------

参数：affyB
An instance of the AffyBatch class.  
AffyBatch类的一个实例。


参数：output
Type of output wanted, currently only pdf is supported.  
输出类型的希望，目前仅支持PDF格式。


参数：outdir
The directory (or folder) where output will be directed.
目录（或文件夹），输出将定向。


参数：overwrite
Whether an existing report, with the same name, should be overwritten.
无论是现有的报告，具有相同的名称，应该是覆盖。


参数：repName
A character string indicating the name of the report.  
一个字符串，表明该报告的名称。


参数：x
A character string containing the location of the directory  holding the report.
一个字符串，其中包含持有该报告的目录的位置。


Details

详情----------Details----------

A wide variety of tools from different packages are used, in conjunction  with Sweave tools to produce an integrated document with various statistics that should help determine whether there are data quality problems with the data.
一个各种各样的工具，从不同的包用于与Sweave工具的结合，产生各种统计数据的综合文件，应该有助于确定是否有数据的数据质量问题的。

This package only works for Affymetrix data. It requires a working LaTeX implementation and so is not likely to work on Windows platforms, and in some cases on OS X unless the user has installed these tools.
这个包只适用于Affymetrix数据。它需要一个工作LaTeX的实施，所以是不可能工作在Windows平台上，在OS X上的某些情况下，除非用户安装了这些工具。

Sample names that have an underscore in them have it replaced by a dot. Underscore causes a number of problems with Latex, if it is not escaped.
样品名称，有一个在他们的底线，它取代由一个圆点。强调导致乳胶问题，如果它没能逃脱。


值----------Value----------

A list with the following components is returned.
返回一个由以下部分组成名单。


参数：qcStats
The QC statistics computed by the simpleaffy package.
simpleaffy包的QC统计计算。


参数：affyPLM
The QC statistics computed by the affyPLM package.
affyPLM包的QC统计计算。


参数：MADS
The computed MAD statistic on the "M" values from an M-A decomposition.
统计上的“M”从MA分解值计算狂。


参数：loc
The location (directory/folder) containing the report.
的位置（目录/文件夹）包含报告。


参数：name
The name of the report.
报告的名称。


作者（S）----------Author(s)----------


R. Gentleman



举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
   library("affydata")
   data("Dilution")
   affyQAReport(Dilution)

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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