R语言 affyPLM包 threestepPLM()函数中文帮助文档(中英文对照)

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threestepPLM(affyPLM)
threestepPLM()所属R语言包：affyPLM

                                        Three Step expression measures returned as a PLMset
                                         作为PLMset返回三个步骤表达措施

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function converts an AffyBatch into an  PLMset using a three step expression measure.
此功能转换成AffyBatch使用三个步骤表达措施PLMset。


用法----------Usage----------


threestepPLM(object,subset=NULL, normalize=TRUE, background=TRUE,
             background.method="RMA.2", normalize.method="quantile",
             summary.method="median.polish", background.param = list(),
             normalize.param=list(), output.param=list(),
             model.param=list(), verbosity.level=0)



参数----------Arguments----------

参数：object
an AffyBatch
AffyBatch


参数：subset
a vector with the names of probesets to be used. If NULL then all probesets are used.
要使用的名称probesets向量。如果为NULL，然后所有probesets是使用。


参数：normalize
logical value. If TRUE normalize data using quantile normalization
逻辑值。如果TRUE标准化使用分量标准化的数据


参数：background
logical value. If TRUE background correct using RMA background correction
逻辑值。如果TRUE背景下正确使用RMA背景校正


参数：background.method
name of background method to use.
背景法的名称使用。


参数：normalize.method
name of normalization method to use.
归一化方法的名称使用。


参数：summary.method
name of summary method to use.
简易方法名称使用。


参数：background.param
list of parameters for background correction methods
背景校正方法的参数列表


参数：normalize.param
list of parameters for normalization methods
标准化方法的参数列表


参数：output.param
list of parameters for output methods
输出方法的参数列表


参数：model.param
list of parameters for model methods
模型方法的参数列表


参数：verbosity.level
An integer specifying how much to print out. Higher values indicate more verbose. A value of 0 will print nothing
一个整数，指定多少打印出来。值越高，表明更详细的。值0将打印什么


Details

详情----------Details----------

This function computes the expression measure using threestep methods. It returns a PLMset. The most important difference is that the PLMset allows you to access the residuals which the threestep function does not do.
此函数计算表达式措施，使用threestep方法。它返回一个PLMset。最重要的区别是，的PLMset允许您访问的残差threestep函数不会做的。


值----------Value----------

An PLMset
PLMset


作者（S）----------Author(s)----------


Ben Bolstad <a href="mailto:bmb@bmbolstad.com">bmb@bmbolstad.com</a>



参考文献----------References----------

Oligonucleotide Array Data: Background, Normalization and Summarization. PhD Dissertation. University of California,

参见----------See Also----------

expresso, rma, threestep, rmaPLM, fitPLM
expresso，rma，threestep，rmaPLM，fitPLM


举例----------Examples----------


if (require(affydata)) {
  data(Dilution)

  # should be equivalent to rma()[应相当于RMA（）]
  ## Not run: eset &lt;- threestepPLM(Dilution)[＃不能运行：ESET < -  threestepPLM的（稀释）]
}

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