R语言 affyPLM包 rmaPLM()函数中文帮助文档(中英文对照)

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rmaPLM(affyPLM)
rmaPLM()所属R语言包：affyPLM

                                        Fit a RMA to Affymetrix Genechip Data as a PLMset
                                         Affymetrix基因数据作为PLMset适合一个RMA

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function converts an AffyBatch into an  PLMset by fitting a multichip model. In particular we concentrate on the RMA model.
此功能转换到一个多芯片模型拟合AffyBatch的PLMset。特别是，我们集中在RMA模型。


用法----------Usage----------


rmaPLM(object, subset=NULL, normalize=TRUE, background=TRUE,
       background.method="RMA.2", normalize.method="quantile",
       background.param=list(), normalize.param=list(), output.param=list(),
       model.param=list(), verbosity.level=0)



参数----------Arguments----------

参数：object
an AffyBatch
AffyBatch


参数：subset
a vector with the names of probesets to be used. If NULL then all probesets are used.
要使用的名称probesets向量。如果为NULL，然后所有probesets是使用。


参数：normalize
logical value. If TRUE normalize data using quantile normalization
逻辑值。如果TRUE标准化使用分量标准化的数据


参数：background
logical value. If TRUE background correct using RMA background correction
逻辑值。如果TRUE背景下正确使用RMA背景校正


参数：background.method
name of background method to use.
背景法的名称使用。


参数：normalize.method
name of normalization method to use.
归一化方法的名称使用。


参数：background.param
A list of parameters for background routines
一个背景例程的参数列表


参数：normalize.param
A list of parameters for normalization routines
一个标准化例程参数列表


参数：output.param
A list of parameters controlling optional output from the routine.
从常规的可选输出控制参数列表。


参数：model.param
A list of parameters controlling model procedure
过程控制模型的参数列表


参数：verbosity.level
An integer specifying how much to print out. Higher values indicate more verbose. A value of 0 will print nothing
一个整数，指定多少打印出来。值越高，表明更详细的。值0将打印什么


Details

详情----------Details----------

This function fits the RMA as a Probe Level Linear models to all the probesets in an AffyBatch.
此功能适合作为探针水平线性模型中的所有AffyBatchprobesetsRMA。


值----------Value----------

An PLMset
PLMset


作者（S）----------Author(s)----------


Ben Bolstad <a href="mailto:bmb@bmbolstad.com">bmb@bmbolstad.com</a>



参考文献----------References----------

Oligonucleotide Array Data: Background, Normalization and Summarization. PhD Dissertation. University of California, <br> <br> Irizarry RA, Bolstad BM, Collin F, Cope LM, Hobbs B and Speed TP (2003) Summaries of Affymetrix GeneChip probe level data Nucleic Acids Research 31(4):e15 <br> <br> Bolstad, BM, Irizarry RA, Astrand, M, and Speed, TP (2003) A Comparison of Normalization Methods for High Density Oligonucleotide Array Data Based on Bias and Variance.

参见----------See Also----------

expresso, rma, threestep,fitPLM, threestepPLM
expresso，rma，threestep，fitPLM，threestepPLM


举例----------Examples----------


if (require(affydata)) {
  # A larger example testing weight image function[一个更大的示例测试重量图像功能]
  data(Dilution)
  ## Not run: Pset &lt;- rmaPLM(Dilution,output.param=list(weights=TRUE))[＃无法运行：PSET < -  rmaPLM（稀释，output.param =名单（权重=））]
  ## Not run: image(Pset)[＃不运行：（PSET）]
}

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