R语言 affyPara包 qa()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

qa(affyPara)
qa()所属R语言包：affyPara

                                        Parallel Quality Assessment Summary
                                         并行质量评估总结

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Creates a Summary Matrix from parallel quality assessment results.
创建一个从并行质量评估结果摘要矩阵。


用法----------Usage----------


summaryM1M2Para(method1, method2,
                level, verbose=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：method1
Result object form boxplotPara.
导致对象的形式boxplotPara。


参数：method2
Result object from MAplotPara.
结果从MAplotPara的对象。


参数：level
level- numerical - indicates which level of "bad" quality arrays should be plot if plotDraw =TRUE: 1 - only first level "bad" quality  will be considered. First level "bad" array quality are the arrays considered as "bad" after the three possible parameter: S, loess, and sigma  2 - first level  "bad" quality and second level  will be considered. Second level "bad" quality Arrays are the arrays which has been classified as bad after two of the three possible parameter  3 - all levels will be plot : first, second and third. Third level "bad" quality Arrays are the arrays which are considered as "bad" after one of the three parameter.
级数值 - 表示“坏”的质量方针阵列级别应该图如果plotDraw = TRUE：1  - 只有第一级的“坏”的质量方针，将予以考虑。第一级的“坏”的数组质量阵列后认为“坏”的三个可能的参数：S，黄土，和sigma 2  - 第一级的“坏”的质量方针，将被视为第二个层次。第二个层次的“坏”质量阵列阵列已被归类为坏后两三个可能的参数3  - 各级图：第一，第二和第三。第三个层次的“坏”质量阵列阵列认为是“坏”后的三个参数之一。


参数：verbose
A logical value. If TRUE it writes out some messages. default: getOption("verbose")  
一个逻辑值。如果TRUE写了一些消息。默认：getOption（“冗长”）


Details

详情----------Details----------

summaryM1M2Para creates a Summary Matrix from parallel quality assessment results. In the  rows there are the arrays and in the colums the qa-methods: 0 = good quality, 1 = bad quality.
summaryM1M2Para创建一个并行质量评估结果摘要矩阵。行中有阵列和在colums QA方法：0 =质量好，1 =质量差。

If the rowSum is bigger than 2, than the arrays should be considered as bad quality.
如果rowSum是大于2，比阵列应被视为质量差。


值----------Value----------

A matrix of all arrays (rows) and qa-methods (colums): 0 = good quality, 1 = bad quality
一个所有阵列（行）和QA方法（colums）的矩阵：0 =质量好，1 =质量差


作者（S）----------Author(s)----------


Esmeralda Vicedo &lt;e.vicedo@gmx.net&gt;, Markus Schmidberger <a href="mailto:schmidb@ibe.med.uni-muenchen.de">schmidb@ibe.med.uni-muenchen.de</a>, Ulrich Mansmann <a href="mailto:mansmann@ibe.med.uni-muenchen.de">mansmann@ibe.med.uni-muenchen.de</a>



举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
library(affyPara)
if (require(affydata)) {
  data(Dilution)

  makeCluster(3, type='MPI')

  box1 <- boxplotPara(Dilution)
  ma1 <- MAplotPara(Dilution)
  
  summaryM1M2Para(box1, ma1, level=3)

  stopCluster()
}

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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注：
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