R语言 AffyExpress包 regress()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

regress(AffyExpress)
regress()所属R语言包：AffyExpress

                                        Run regression to fit genewise linear model
                                         运行回归到适合2-6。线性模型

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Fit genewise linear model using LIMMA package, ordinary linear regression,  or permutation method.
适合2-6。线性模型，使用LIMMA包，普通的线性回归，或置换的方法。


用法----------Usage----------


regress(object, design, contrast, method, adj="none", permute.time=1000)



参数----------Arguments----------

参数：object
an "ExpressionSet"
“ExpressionSet”


参数：design
design matrix from the make.design function  
从make.design功能设计矩阵


参数：contrast
contrast matrix from the make.contrast function
从make.contrast功能的对比矩阵


参数：method
Three methods are supported by this function: "L" for using LIMMA method - compute moderated t-statistics and log-odds  of differential expression by empirical Bayes shrinkage of the standard  errors towards a common value,   "F" for using ordinary linear regression,  "P" for permuation test by resampling the phenotype
三种方法都支持这个功能：“L”的使用LIMMA方法 - 使用普通的线性经验Bayes收缩朝着一个共同的价值，“F”的标准误差为计算放缓t-统计和差异表达的log赔率回归，重新取样型“P”为permuation测试


参数：adj
adjustment method for multiple comparison test, including "holm",  "hochberg", "hommel", "bonferroni", "BH", "BY", "fdr", "none".  The default value is "none". Type help(p.adjust) for more detail.
多次对比试验，其中包括“冬青”，“hochberg”，“HOMMEL”，“邦弗朗尼”，“波黑”，“”，“FDR”，“无”的调整方法。默认值是“没有”。键入help（p.adjust）的更多细节。


参数：permute.time
number of permutation times, only used for the permutation  method.
数置换倍，仅用于置换方法。


值----------Value----------

A dataframe contains rows for all the genes from object and the following columns: ID(probeid); Log2Ratio (estimate of the effect or the contrast,  on the log2 scale);  F (F statistics); P.Value (raw p-value); adj.P.Value (adjusted  p-value or q-value)
一个dataframe包含所有的基因，从对象和下面的列行：ID（probeid）; Log2Ratio（估计效果或对比的log2规模，），F（F统计量）;的P.Value（原P-值）; adj.P.Value（p值或Q-值调整）


作者（S）----------Author(s)----------


Xiwei Wu <a href="mailto:xwu@coh.org">xwu@coh.org</a>, Xuejun Arthur Li <a href="mailto:xueli@coh.org">xueli@coh.org</a>



参考文献----------References----------

In: Bioinformatics and Computational Biology Solutions using R and  Bioconductor, R. Gentleman,  V. Carey, S. Dudoit, R. Irizarry,

举例----------Examples----------


data(testData)
normaldata<-pre.process("rma",testData)

## Create design matrix[＃创建设计矩阵]
design<-make.design(pData(normaldata), "group")

## Create contrast matrix - Compare group "A" vs. "C"[＃创建对比矩阵 - 比较组“A”与“C”的]
contrast<-make.contrast(design, "A", "C")

## Identify differentially expressed gene by using LIMMA method[＃确定使用LIMMA方法的差异表达基因]
result<-regress(normaldata, design, contrast, "L")

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