R语言 AffyExpress包 Filter()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

Filter(AffyExpress)
Filter()所属R语言包：AffyExpress

                                        filter an 'ExpressionSet' using different methods
                                         过滤ExpressionSet用不同的方法

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Create a filtered 'ExpressionSet' based on background, range, or interquartile range
创建一个过滤“ExpressionSet”背景的基础上，范围，或四分范围


用法----------Usage----------


  Filter(object, numChip=1, bg=0, range=0, iqrPct=0)



参数----------Arguments----------

参数：object
an 'ExpressionSet'
ExpressionSet“


参数：numChip
number of chips.  If you would like to filter the 'ExpressionSet' based on at least 3 chips greater than 1 (bg=1), then set numChip = 3  
芯片的数目。如果你想过滤“ExpressionSet基于3芯片至少大于1（BG = 1），然后设置numChip = 3


参数：bg
background value. If you would like to filter the 'ExpressionSet' based on at least 3 chips greater than 1, then set bg=1
背景值。如果你想过滤“ExpressionSet的基础上至少3个芯片，大于1，则设置BG = 1


参数：range
range = max value - min value of each gene
范围=最大值 - 分钟，每个基因的价值


参数：iqrPct
interquartile percentage.
四分位数的百分比。


Details

详情----------Details----------

There are three filtering methods.  The User can use either one, two, or three. 1.  At least a certain number of chips (numChip) are greater than a given  background (bg). 2.  The range of the gene have to be greater than a given value (range). 3.  Calulating the interquatile range (IQR) of each gene to create an IQR vector. Based on the given percentage (e.g. iqrPct=0.2), find the corresponding percentile.  If IQR is less than percentile, the gene will be filtered.   
有三种过滤方法。用户可以使用一个，两个或三个。 1。至少有一定的芯片数量（numChip）大于一个给定的背景（BG）。 2。该基因的范围必须大于给定值（范围）。 3。采掘工作面的每一个基因的interquatile范围（四分）创建一个四分向量。基于给定的百分比（例如iqrPct = 0.2），找到相应的百分位。如果IQR为比百分较少，基因将被过滤。


值----------Value----------

a filtered 'ExpressionSet'
经过筛选的“ExpressionSet”


作者（S）----------Author(s)----------


Xiwei Wu <a href="mailto:xwu@coh.org">xwu@coh.org</a>, Xuejun Arthur Li <a href="mailto:xueli@coh.org">xueli@coh.org</a>



举例----------Examples----------


data(testData)
normaldata<-pre.process("rma",testData)

##At least one chip is greater than 4[＃至少有一个芯片是大于4]
filtered.1<-Filter(normaldata, numChip=1, bg=4)  

##At least one chip is greater than 4 and range &gt;0.5[＃至少有一个芯片是大于4的范围> 0.5]
filtered.2<-Filter(normaldata, numChip=1, bg=4, range=0.5)  

##range &gt;0.5 and IQR &gt; 20percentile[＃范围> 0.5和四分> 20percentile]
filtered.3<-Filter(normaldata, range=0.5, iqrPct=0.2)  

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。