R语言 affycoretools包 vennSelectFC()函数中文帮助文档(中英文对照)

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vennSelectFC(affycoretools)
vennSelectFC()所属R语言包：affycoretools

                                        Select and Output Gene Lists Based on Venn Diagrams
                                         选择和输出的基因列表基于维恩图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function is designed to output text and/or HTML tables based on the results of a call to foldFilt. The general idea being that one might want to create a Venn diagram showing probesets that are unique to particular comparisons, or consistent between comparisons, and then might want to output the probesets that are contained in each cell of the Venn diagram.
此功能设计到输出的文本和/或HTML表的基础上的调用foldFilt一个结果。一般的想法可能要创建维恩的图probesets是唯一比较特别，或之间的比较一致的，然后可能要输出的维恩图的每个单元中的probesets。


用法----------Usage----------


vennSelectFC(eset, x, comps, order.by = "sum", method =
"same", text = TRUE, html = TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：eset
A ExpressionSet object.
一个ExpressionSet对象。


参数：x
An indicator matrix showing up or down regulation based on fold change, usually from a call to foldFilt. See details for more information.
一个指标矩阵显示或根据监管倍变化，通常从一个foldFilt调用。详情请参阅更多信息。


参数：comps
A list containing all the comparisons to be made. Each list item should be a vector of length two. This should be identical to the 'comps' argument used in the call to foldFilt See details for more information.
一个列表，其中包含所有将要作出的比较。每个列表项应该是一个长度为2的向量。这应该是相同的参数调用foldFilt更多信息，请参阅在“谱曲”。


参数：order.by
One of 'sum', 'max', 'median', or 'mean'. This orders the output for those tables that have multiple fold change values based on the summary statistic chosen. Defaults to 'sum'.
“总和”，“最大”，“中位数”，或“的意思是”。这个命令的输出为那些表有倍多变化值，根据选择的汇总统计。默认为“总和”。


参数：method
One of "same", "both", "up", "down", "sameup", or "samedown". See details for more information.
一个“不变”，“既”，“向上”，“打倒”，“sameup”，或“samedown”。详情请参阅更多信息。


参数：text
Boolean. Output text tables? Defaults to TRUE
布尔值。输出的文字表？ TRUE默认


参数：html
Boolean. Output HTML tables? Defaults to TRUE
布尔值。输出HTML表格？ TRUE默认


参数：...
Used to pass other arguments to probes2table, in particular, to change the argument to anncols  which controls the columns of hyperlinks to online databases (e.g., Entrez Gene, etc.). See aaf.handler for more information.
用来传递其他参数probes2table，特别是，要改变的参数anncols控制线上资料库（例如，Entrez基因等）的超链接列。看到aaf.handler更多信息。


Details

详情----------Details----------

The purpose of this function is to output the probesets listed in a Venn diagram that has been produced by a call to foldFilt. A small example would be as follows:
此功能的目的是，输出维恩图中已产生调用foldFilt由probesets。一个小例子如下：

Assume an ExpressionSet exists that contains expression values for three Affymetrix chips, say a control, and two experimentals. One might want to know what probesets are different between each of the experimentals and the control, and those that are different between both of the experimentals and the control. We first make the comparisons, based on a fold change of 2 (or a difference of 1 on the log scale).
假设ExpressionSet存在包含三个Affymetrix公司的芯片，说控制，experimentals的表达值。有人可能会想知道什么probesets之间每个的experimentals和控制，不同的两个的experimentals和控制之间的那些不同。我们首先要比较的基础上的2倍（或1log规模上的差异）。

comps <- list(c(1,2), c(1,3))
谱曲< - 列表（C（1,2），C（1,3））

This list indicates what comparisons we want. In this case 1vs2 and 1vs3.
这份列表表明我们想要什么比较。在这种情况下1vs2和1vs3。

out <- foldFilt(eset, fold = 1, groups = 1:3, comps = comps, compnames=c("Control vs experimental1", "Control vs experimental2"), save = TRUE)
出< -  foldFilt（ESET，倍= 1组= 1:3，谱曲=谱曲，compnames = C（“控制与experimental1”，“控制与experimental2”），保存= TRUE时）

By setting save = TRUE, we are saving a list, the first item being a vector of the number of probesets in each comparison, the second item being an indicator matrix showing up or down regulation based on a two-fold difference. We could make a Venn diagram using this matrix with vennCounts2 and vennDiagram. If we then wanted to output the probesets in each cell of that Venn diagram, we could use vennSelectFC as follows:
通过设置保存= TRUE时，我们都保存一个列表，在每个比较的probesets的向量的第一项，第二项指标矩阵显示向上或向下调节的基础上的两倍的差异。我们可以使用vennCounts2和vennDiagram这个矩阵维恩图。如果我们想输出，维恩图中每个单元的probesets，我们可以使用vennSelectFC如下：

vennSelectFC(eset, out[[2]], comps)
vennSelectFC（ESET，出[2]，谱曲）

One thing to note here is that the names of the resulting tables as well as the columns containing the fold change values will be extracted from the column names of the indicator matrix. This matrix will get its column names from the 'compnames' argument to foldFilt, so it is best to use reasonable names here. Also note that any character used in the 'compnames' argument that is not a valid character for a file name will be stripped out.
这里要注意的一件事是，将生成的表的名称以及褶皱的变化值的列包含提取的指标矩阵的列名。这个矩阵将得到其列名，从“compnames”参数foldFilt，所以最好是使用合理的名字在这里。还注意到，“compnames的说法，不是一个有效的字符，文件名中使用任何字符将被剥离出来。


值----------Value----------

Called only for the side effect of outputting HTML and/or text tables.
只调用输出HTML和/或文字表格的副作用。


作者（S）----------Author(s)----------


James W. MacDonald &lt;jmacdon@med.umich.edu&gt;

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注：
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