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R语言 affycoretools包 vennCounts2()函数中文帮助文档(中英文对照)

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发表于 2012-2-25 11:14:07 | 显示全部楼层 |阅读模式
vennCounts2(affycoretools)
vennCounts2()所属R语言包:affycoretools

                                        Compute Counts for Venn Diagram
                                         计算为维恩图的计数

                                         译者:生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function is designed to compute counts for a Venn diagram. It is slightly different from vennCounts in the additional ability to compute counts for genes that are differentially expressed in the same direction.
此功能设计的维恩图来计算数。它是从vennCounts额外的计算能力在同一个方向的差异表达基因数略有不同。


用法----------Usage----------


vennCounts2(x, method = "same", fit = NULL, foldFilt = NULL)



参数----------Arguments----------

参数:x
A TestResults object, produced by a call to decideTests or foldFilt.
一个TestResults对象,调用decideTests或foldFilt由生产。


参数:method
One of "same", "both", "up", "down". See details for more information.
一个“不变”,“既”,“向上”,“下降”。详情请参阅更多信息。


参数:fit
An MArrayLM object, produced by a call  to lmFit and eBayes. Only necessary if 'foldFilt' = TRUE.
一个MArrayLM对象,调用lmFit和eBayes由生产。只有必要的,如果“foldFilt =TRUE。


参数:foldFilt
A fold change to filter samples. This is primarily here for consistency with the corresponding argument in vennSelect.
倍数变化来筛选样品。这主要是在vennSelect的相应参数的一致性。


Details

详情----------Details----------

The function vennCounts will return identical results except for the "same" method. This will only select those genes that both pass the criteria of decideTests as well as being differentially expressed in the same direction. Note that this is different from the "both" method, which simply requires that a given gene be differentially expressed in e.g., two different comparisons without any requirement that the direction be the same.
函数vennCounts将返回相同的结果,除“相同”的方法。这将只选择那些基因都通过decideTests以及在同一方向的差异表达。标准请注意,这是从不同的“都”的方法,该方法只需要一个特定基因的差异,例如,两个不同的比较没有任何要求的方向是相同的表示。


值----------Value----------

A VennCounts object.
一个VennCounts对象。


作者(S)----------Author(s)----------


James W. MacDonald <jmacdon@med.umich.edu>



举例----------Examples----------


library("limma")
tstat <- matrix(rt(300,df=10),100,3)
tstat[1:33,] <- tstat[1:33,]+2
clas <- classifyTestsF(tstat,df=10,p.value=0.05)
a <- vennCounts2(clas)
print(a)
vennDiagram(a)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注:
注1:为了方便大家学习,本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成,仅供个人R语言学习参考使用,生物统计家园保留版权。
注2:由于是机器人自动翻译,难免有不准确之处,使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解,可以帮助R语言的学习。
注3:如遇到不准确之处,请在本贴的后面进行回帖,我们会逐渐进行修订。
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