probes2table(affycoretools)
probes2table()所属R语言包:affycoretools
Convert Affy Probe ids to Annotated HTML Table
转换HTML表说明的Affy探针的ID
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
A function to convert a vector of Affy ids to an annotated HTML table.
一个函数来转换的Affy IDS向量注明的HTML表。
用法----------Usage----------
probes2table(eset, probids, lib, otherdata = NULL,
anncols = aaf.handler()[c(1:3, 6:7, 9:12)], html = TRUE, text = FALSE,
express = TRUE, save = FALSE, filename)
参数----------Arguments----------
参数:eset
An ExpressionSet containing Affy expression values.
一个ExpressionSet含Affy表达式的值。
参数:probids
A vector of probe ids.
一个探针IDS的向量。
参数:lib
An annotation package for the Affy chips used.
一个用于Affy芯片注解包。
参数:otherdata
A *named* list of additional information to include in the resulting table. Examples would be t-statistics, p-values, fold change, etc. Each list item should be a vector the same length as the probids vector. The name associated with each list item will be used as the column name in the resulting table.
*名为*额外的信息列表,包括在结果表。例子是t-统计量的p值,倍数变化等,每个列表项应该是一个向量作为probids向量的长度相同。每个列表项相关联的名称将被用作结果表中的列名。
参数:anncols
A vector of things to annotate, produced by a call to aaf.handler().
一个向量,注释,以调用aaf.handler()产生的东西。
参数:html
Output data in HTML tables? Defaults to TRUE.
在HTML表格输出数据? TRUE默认。
参数:text
Output data in text tables? Defaults to TRUE.
在文字表格输出数据? TRUE默认。
参数:express
Output expression values in table? Defaults to TRUE.
表中的输出表达式的值? TRUE默认。
参数:save
Should tables be saved as R objects for further processing? Defaults to FALSE.
表应该被保存为R对象进行进一步的处理? FALSE默认。
参数:filename
Filename of the resulting HTML table.
生成的HTML表的文件名。
值----------Value----------
If save is TRUE, a data.frame is saved containing the data.
如果save是TRUE一个data.frame保存数据。
作者(S)----------Author(s)----------
James W. MacDonald <jmacdon@med.umich.edu>
参见----------See Also----------
topTable,
topTable
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。
注:
注1:为了方便大家学习,本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成,仅供个人R语言学习参考使用,生物统计家园保留版权。
注2:由于是机器人自动翻译,难免有不准确之处,使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解,可以帮助R语言的学习。
注3:如遇到不准确之处,请在本贴的后面进行回帖,我们会逐渐进行修订。
|