R语言 affycoretools包 foldFilt()函数中文帮助文档(中英文对照)

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foldFilt(affycoretools)
foldFilt()所属R语言包：affycoretools

                                         Output Fold Change Data
                                         输出倍数变化数据

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function is designed to take an ExpressionSet and some comparisons and output either HTML tables, text files, or both.
此功能设计采取ExpressionSet和一些比较和输出任何HTML表格，文本文件，或两者兼而有之。


用法----------Usage----------


foldFilt(object, fold = 1, groups, comps, compnames, save = FALSE, text
= TRUE, html = TRUE, filterfun = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：object
An ExpressionSet object
ExpressionSet对象


参数：fold
The log fold change cutoff to use. Note that this is log base two.
log fold change阈值使用。请注意，这是log base two。


参数：groups
A vector of group identifiers. Probably easiest to use a numeric vector
组标识符的向量。可能最容易使用的数字向量


参数：comps
A list containing all the comparisons to be made. Each list item should be a vector of length two. See details for more information.
一个列表，其中包含所有将要作出的比较。每个列表项应该是一个长度为2的向量。详情请参阅更多信息。


参数：compnames
A character vector of the names for each of the comparisons to be made. This will be the name of the resulting HTML or text file.
特征向量的名称为每个将要作出的比较。这将产生的HTML或文本文件的名称。


参数：save
Boolean. If TRUE, a list will be returned. The first item in the list will be a vector showing the number of 'significant' genes for each comparison. The second item will be a matrix of -1's, 0's and 1's indicating a significant difference, and the direction of the difference. The first item is useful for creating Sweave - based reports and the second is useful for making Vennn diagrams using the vennDiagram from the limma package.
布尔值。如果TRUE，将返回列表。列表中的第一个项目将是一个向量，“重大”的基因，每个比较。第二项将是一个矩阵，1，0和1的说明一个重要的差异，差异的方向。第一项是创建Sweave有用 - 基于报告，第二个是使使用vennDiagram从limma包Vennn图。


参数：html
Boolean - if TRUE, output HTML tables
返回Boolean  - 如果TRUE，输出HTML表格


参数：text
Boolean - if TRUE, output text tables
返回Boolean  - 如果TRUE，输出文本表


参数：filterfun
A filtering function, created by genefilter to filter the data using additional criteria. See details for more information
一个过滤功能，创建genefilter使用附加条件来筛选数据。详情请参阅有关详细信息，


Details

详情----------Details----------

This function is useful for outputting annotated gene lists for multiple fold change comparisons. The genes will be ordered by the absolute fold change. Note that this function is essentially a wrapper to call annaffy, so is only useful for Affymetrix GeneChips for which there is an annotation package.
这个功能是有用的多个fold change比较输出注释的基因列表。该基因将被责令倍的绝对变化。请注意，这个函数基本上是一个包装调用annaffy，所以仅仅是有用的Affymetrix的基因芯片，其中有一个注解包。

Without attaching a data file to this package, it is not possible to give a working example. Instead, here is a 'for instance'.
这个包，而不用附加数据文件，它是不可能给一个实际的例子。相反，这里是一个“实例”。

Say you have an ExpressionSet containing four Affy HG-U133Plus2 chips. There is no replication, and you simply want to output genes with a two-fold or greater difference between the first chip and each of the last three (the first chip is the control, and the other three are experimentals). The ExpressionSet is called eset.
说你有一个ExpressionSet包含四个Affy氢化-U133Plus2芯片的。有没有复制，你只是想输出与基因之间的第一个芯片，并在过去三年（第一个芯片的控制，和其他三个experimentals）的2倍或更大的差异。 ExpressionSet被称为ESET。

Additionally, say we don't want any genes called significant if both of the samples have very low expression. We can set up a filter using the genefilter package.
此外，说我们不希望任何基因称为显著，如果样本都具有非常低的表达。我们可以设置一个过滤器，使用genefilter包。

f1 <- kOverA(1,6)
< -  kOverA F1（1,6）

filt <- filterfun(f1)
< -  filterfun FILT（F1）

foldFilt(eset, groups=1:4, comps=list(c(2, 1), c(3, 1), c(4, 1)), compnames=c("Expt1-Cont","Expt2-Cont","Expt3-Cont"), filterfun = filt)
（ESET，foldFilt组= 1:4，comps=list（C（2,1），C（3，1），C（4，1）），compnames = C（的“Expt1-cont”，“Expt2-cont“，”Expt3-cont“），filterfun = FILT）

This will output three HTML tables called 'Expt1-Cont.html', etc., each containing sorted genes that have two-fold or greater differences between the two samples.
这将输出三个HTML表名为“Expt1 Cont.html”的，等等，每片含排序的基因，有两个样本之间的2倍或更大的差异。


值----------Value----------

Returns a list; see above for the elements of the list. This function is mainly called for the side effect of outputting HTML or text files containing annotated 'significant' gene lists.
返回一个列表，见上面列表中的元素。此功能主要是要求输出HTML或文本文件，其中包含注明“重大”的基因列表的副作用。


作者（S）----------Author(s)----------


James W. MacDonald &lt;jmacdon@med.umich.edu&gt;

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注：
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