R语言 rtfbs包 simulate.ms()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

simulate.ms(rtfbs)
simulate.ms()所属R语言包：rtfbs

                                        Generate sequence from Markov Model
                                         马尔可夫模型生成序列

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Simulate a single sequence based from a Markov Model. These are referred to as simulated sequences and used compute the background rates and False Discovery Rates.
从基于马尔可夫模型模拟一个序列。这些被称为模拟序列，并用计算的背景和虚假的发现率。


用法----------Usage----------


  ## S3 method for class 'ms'
simulate(object, nsim, seed = NULL,
    pointer.only = FALSE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：object
Markov Model build.mm
马尔可夫模型build.mm


参数：nsim
Length of the sequence to simulate
序列的长度来模拟


参数：seed
A random number seed.  Either NULL (the default; do not re-seed random number generator), or an integer to be sent to set.seed.
一个随机数种子。无论是NULL（默认情况下，不重新播种随机数发生器），或发送到set.seed整数。


参数：pointer.only
If TRUE, keep sequence data stored in a C structure, otherwise it is automatically copied into an R object.
如果TRUE，保持序列数据存储在一个C结构，否则它会自动复制到一个R对象。


参数：...
Not used; for S3 compatibility
未使用; S3的兼容性


值----------Value----------

MS object containing a single sequence with nsim bases.
MS对象，它包含一个单一的序列与NSIM碱基。


参见----------See Also----------

build.mm for details on Markov models, ms for details on MS objects
build.mm马尔可夫模型的详细信息，msMS对象的详细信息，


实例----------Examples----------


require("rtfbs")
exampleArchive <- system.file("extdata", "NRSF.zip", package="rtfbs")
seqFile <- "input.fas"
unzip(exampleArchive, seqFile)
# Read in FASTA file "input.fas" from the examples into an [阅读在FASTA的文件“input.fas”中的例子成]
#   MS (multiple sequences) object[多个序列（MS）对象]
ms <- read.ms(seqFile);
# Build a 3rd order Markov Model to represent the sequences[建立一个3阶Markov模型来表示序列]
#   in the MS object "ms".  The Model will be a list of[在MS对象“MS”。该模型将一个列表]
#   matrices  corrisponding in size to the order of the [矩阵的大小的顺序corrisponding]
#   Markov Model[马尔可夫模型]
mm <- build.mm(ms, 3);
# Generate a sequence 1000 bases long using the supplied[术语使用提供的1000个碱基生成一个序列]
#   Markov Model and random numbers[马尔可夫模型和随机数]
v <- simulate.ms(mm, 1000);

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。