R语言 rsgcc包 getsgene()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

getsgene(rsgcc)
getsgene()所属R语言包：rsgcc

                                         identify tissue(or condtion)-specific genes
                                         识别组织（或常征）特异性基因

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function identifies tissue(or condition)- specific genes by considering the difference between the mean expression value of one tissue and the max expression value of other tissue.
此函数标识组织（或条件） - 特定的基因，通过考虑一个组织和其他组织中的最高表情值的平均表达值之间的差异。


用法----------Usage----------


getsgene(x, Log = FALSE, Base = 2, AddOne = FALSE, tsThreshold = 0.95, Fraction = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：x
a numeric matrix containing gene expression value. The column labels are samples names. For two samples from the same tissue T, their names should be assigned as T.1 and T.2, respectively.  
含有外源基因的表达值的数字矩阵。列标签样本的名称。两个样本来自同一个组织T，他们的名字应该被分配T.1，T.2，分别为。


参数：Log
logical indicating whether the gene expression value would be log-transformed.  
逻辑表明是否将log转化基因的表达值。


参数：Base
a numeric value specifying the base of logarithm.  
指定一个数值对数的基础上。


参数：AddOne
logical indicating if add one for avoding the problem of log-zero.  
逻辑表示，如果添加一个用于avodinglog零的问题。


参数：tsThreshold
a numeric value giving the threshold of tissue specificity score. The tissue specificity score is 1, if the gene is only expressed in one tissue. Otherwise, the tissue specificity socre will be smaller than 1.  
一个数字值的组织特异性得分的阈值。组织特异性分数为1时，如果该基因只在一个组织表示。否则，该的组织特异性socre将小于1。


参数：Fraction
logical indicating whether the gene expression value would be scaled across tissues.   
逻辑说明是否将扩展整个组织的基因表达值。


Details

详细信息----------Details----------

The tissue specificity score is calculated with the formula 1-min(R(1), R(2), ..., R(i),..., R(n)), where R(i) = M(i)/E(i), E(i) is the mean expression value of tissue i, and M(i) is the maximal expression value of other tissues. If the tissue specificity score higher than tsThreshold, then the gene is considered as tissue specifically expressed.
组织特异性得分的计算式1分钟（R（1），R（2），...，R（ⅰ），...，R（n））的，（ⅰ），其中R = M（ ⅰ）/的E（i），E（i）是组织我的平均表达值，和M（ⅰ）是最大的其他组织的表达式的值。如果组织特异性得分高于tsThreshold，则该基因被认为是组织特异性表达。

If Fraction is TRUE, the expression values of a gene is scaled accorss the tissues with the formula e(i)/(e(1)+e(2)+...+e(n)). e(i) is the expression value of the consider gene in ith sample.
如果分数是TRUE，一个基因的表达值进行缩放accorss组织的公式E（I）/（E（1）+ E（2）+ ... + E（N））。 E（I）是在第i个样本的考虑基因的表达值。


值----------Value----------

A list with following components:
以下组件列表：


参数：tsgene
a data matrix containing expression vlaues of tissue specific genes.
数据矩阵的组织特异性基因的表达vlaues。


参数：tscore
a data matrix with three columns containg the gene index information from x, tissue specificity score and the tissue information with the tissue specificity score.
数据矩阵与三列containg基因的索引信息，从x，组织特异性的组织特异性得分的得分和组织信息。


参数：uniquets
a data matrix containing the unqiue tissue informaiton output by uniqueTissues function.
数据矩阵包含的unqiue的组织的情报输出uniqueTissues功能。


（作者）----------Author(s)----------



Chuang Ma, Xiangfeng Wang.




参见----------See Also----------

uniqueTissues, gcc.tsheatmap.
uniqueTissues，gcc.tsheatmap。


实例----------Examples----------


   data(rsgcc)
   x <- rnaseq[1:50,]
   tsgene <- getsgene(x, tsThreshold = 0.95, Fraction = TRUE)

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