gcc.heatmap(rsgcc)
gcc.heatmap()所属R语言包：rsgcc
heat map
热图
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
The heat map is a color imange representing the data in the a matrix. The dendrogram information are usually added to the left side and/or to the top for displaying the clustering information.
热图是代表一个矩阵中的数据的颜色imange。的聚类信息通常添加到的左侧和/或用于显示聚类信息的顶部。
用法----------Usage----------
gcc.heatmap(x,
cpus = 1,
cormethod = c("GCC", "PCC", "SCC", "KCC", "BiWt"),
distancemethod = c("Raw", "Abs", "Sqr"),
clustermethod = c("complete", "average", "median",
"centroid", "mcquitty", "single", "ward"),
#hcdata output by gcc.tsheatmap function
rowhcdata = NULL,
colhcdata = NULL,
keynote = "FPKM",
## dendrogram control
symm = FALSE,
Rowv = TRUE,
Colv = if (symm) "Rowv" else TRUE,
dendrogram = c("both", "row", "column", "none"),
## data scaling
scale = c("none", "row", "column"),
na.rm = TRUE,
revC = identical(Colv, "Rowv"),
add.expr,
#break points for binning values in x
breaks = 16,
quanbreaks = TRUE,
symbreaks = min(x < 0, na.rm = TRUE) || scale != "none",
#colors
colrange = c("green", "black", "red"),
colsep,
rowsep,
sepcolor = "white",
sepwidth = c(0.05, 0.05),
cellnote,
notecex = 1,
notecol = "cyan",
na.color = par("bg"),
trace = c("none", "column", "row", "both"),
tracecol = "cyan",
hline = median(breaks),
vline = median(breaks),
linecol = tracecol,
margins = c(5, 5),
ColSideColors,
RowSideColors,
cexRow = 0.2 + 1/log10(dim(x)[1]),
cexCol = 0.2 + 1/log10(dim(x)[2]),
labRow = NULL,
labCol = NULL,
#color key
key = TRUE,
keysize = 0.65,
density.info = c("none", "histogram", "density"),
denscol = tracecol,
symkey = min(x < 0, na.rm = TRUE) || symbreaks,
densadj = 0.25,
#image information
main = NULL,
xlab = NULL,
ylab = NULL,
lmat = NULL,
lhei = NULL,
lwid = NULL,
...)
参数----------Arguments----------
参数：x
a data matrix containing numeric variables. Example: rows may correspond to genes and columns to samples.
数据矩阵包含数字的变量。实施例：行可以对应于基因和列的样品。
参数：cpus
the number of cpus used for correlaiton calcluation. snowfall package in R needed to be installed in advance.
数量的cpu的用于correlaiton calcluation的。在R中的降雪包需要被预先安装在。
参数：cormethod
a character string that specifies a correlation method to be used for correlation calculation.
一个字符的字符串，它指定用于相关计算的相关方法。
参数：distancemethod
a character string specifying the distance method to be used. Currently, three distance methods are available, include: "Raw" (1-cor)", "Abs" (1-|cor|), and "Sqr" (1-|cor|^2).
指定的距离的方法，可以使用一个字符串。目前，有三种不同的距离的方法，包括：“原始”（1-COR）“，”ABS“（1 - | COR |），”SQR“（1 - 肺心病| ^ 2）。
参数：clustermethod
the distance measure to be used. This must be one of "complete", "average", "median", "centroid", "mcquitty", "single", or "ward".
要使用的距离测量。这必须是一个“完成”，“平均”，“中位数”，“质心”，“观测组”，“单”，或“病房”。
参数：rowhcdata
the object of class hc generated from gcc.hclust for rows in x.
HC类的对象产生的gcc.hclust在x行。
参数：colhcdata
the object of class hc generated from gcc.hclust for columns in x.
gcc.hclust列在x的对象类HC产生的。
参数：keynote
a character string indicating the lable of color key.
一个字符串，表示拉布勒颜色键。
参数：symm
logical indicating if x should be treated as a symmetrical matrix.
逻辑指示如果x应被处理为一个对称的矩阵。
参数：Rowv
logical determining if the row dendrogram should be reordered.
逻辑判定应重新排序，如果行聚类分析。
参数：Colv
logical determining if the columns dendrogram should be reordered.
逻辑判定，如果应重新排序的列树状图。
参数：dendrogram
a character string indicating whether to draw the "none", "row", "column", "both" dendrograms.
一个字符串，指示是否绘制“无”，“行”，“列”，“既”树状图。
参数：scale
a character string specifying if the data values would be centered and scaled by rows or by columns, or none.
一个字符串指定的中心和缩放的数据值是否会按行或列，或根本没有。
参数：na.rm
logical indicating whether the Nas should be eliminated.
逻辑指示是否NAS应该被淘汰。
参数：revC
logical indicating if the column order should be reversed for plotting.
逻辑表示如果列的顺序应该颠倒的图。
参数：add.expr
expression that will be evaluated after the call to image. Can be used to add components to the plot.
表达式，该表达式将被评估后调用图像。可用于将组件添加到图。
参数：breaks
(optional)Either a integer number specifying the break points to be used, or a numeric vector indicating the splitting points for binning x into colors.
（可选），无论是整数，指定破发点，或分割点颜色分级x转换成一个数字矢量。
参数：quanbreaks
logical indicating if the splitting points for binning x in quantile scale. For instance, if quanbreaks is TRUE, the breaks would be quantile( unique(c(x)), probs = seq(0, 1, length = breaks), na.rm = TRUE).
逻辑表明，如果分级中的x分量规模的分割点。例如，，如果quanbreaks是TRUE，截断位数（唯一的（C（X）），probs = SEQ（0，1，长度=截断），na.rm = TRUE）。
参数：symbreaks
Boolean indicating whether breaks should be made symmetric about 0. This option works when the quanbreaks is FALSE.
布尔值，指示是否中断，应对称约0。此选项时，quanbreaks是FALSE。
参数：colrange
colors used for the image. It could be a function(i.e., heat.colors) or a vector of colors with at leat two elements (e.g., c("green", "black", "red")).
所使用的颜色的图像。这可能是一个功能（即，heat.colors）或矢量的颜色，在真皮休闲包两个元素（例如，c（“绿色”，“黑”，“红”））。
参数：colsep
(optional) vectors of integers indicating which columns should be seperated from the preceding columans by a narrow space of color sepcor.
（可选）向量整数，表示应分开从前columans的一个狭窄的的颜色sepcor空间的哪些列。
参数：rowsep
(optional) vectors of integers indicating which rows should be seperated from the preceding rows by a narrow space of color sepcor.
（可选）向量的整数，表示行应分开前行一个狭窄的的颜色sepcor空间的。
参数：sepcolor
(optional) color used to seperate rows or columns.
（可选）使用单独的行或列的颜色。
参数：sepwidth
(optional) A numeric vector containing two elements giving the width (colsep) or height (rowsep) for the seperation of columns or rows.
（可选）数字向量，包含两个元素，给人的的宽度（colsep）或的高度（rowsep）行或列的分离。
参数：cellnote
(optional)a matrix of character strings which will be placed within each color cell.
（可选）字符串将被放置在每一个色彩单元的矩阵。
参数：notecex
(optional)numeric scaling factor for cellnot itmes.
（可选）数字缩放系数为cellnot itmes。
参数：notecol
(optional)character string specifying the color of cellnote text. Default to "green".
（可选）字符串指定的颜色cellnote文本。默认为“绿色”。
参数：na.color
color to be used for missing value (NA). Defaults to the plot background color.
遗漏值（NA）为要使用的颜色。默认的图背景颜色。
参数：trace
character string indicating a solid "trace" lined should be drawn across "rows", or "column", or "both" or "none".
字符串，表示一个坚实的“跟踪”内衬应该画在“行”或“列”，或“都”或“无”。
参数：tracecol
color for trace
颜色跟踪
参数：hline
vector of values whithin cells where horizontal lines should be drawn with line col.
矢量线COL应制定与水平线的的值whithin单元。
参数：vline
vector of values whithin cells where vertical lines should be drawn with line col.
向量垂直线应该画线COL的的值whithin单元。
参数：linecol
color for hline and vline.
的颜色HLINE和VLine。
参数：margins
a numeric vector containing 2 elements specifying the margins for column and row names, respectively. See (par(mar=*)).
一个数值向量，分别包含2个元素指定列名和列名的利润率。 （每股（月= *））。
参数：ColSideColors
(optional)character string of colors for annotating the columns of heat map.
（可选）字符串的颜色标注的列热图。
参数：RowSideColors
(optional)character string of colors for annotating the rows of heat map.
（可选）字符串的颜色进行注释的行热图。
参数：cexRow
cex.axis for the row lables.
cex.axis的行标贴。
参数：cexCol
cex.axis for the column lables.
cex.axis的列标贴。
参数：labRow
character strings indicating the lables of rows. Default to rownames(x)
字符串，表示行的标贴。默认的行名（X）
参数：labCol
character strings indicating the lables of columns. Default to colnames(x)
字符串，指示列的标贴。默认列名（X）
参数：key
logical indicating whether the color key would be draw.
逻辑表示的颜色是否关键的问题是平局。
参数：keysize
numeric value specifying the size of color key.
数字值，该值指定颜色键的大小。
参数：density.info
character string indicating whether to superimpose a "histogram", a "density" plot, or not plot("none") on the color-key.
字符串指示是否叠加“直方图”，“密度”的图，或不积（“无”）上的颜色键。
参数：denscol
character string giving the color for the density display specified by density.info, defaults to the same value as tracecol.
指定由density.info，默认为相同的值作为tracecol的密度显示字符串的颜色。
参数：symkey
Boolean indicating whether the color key should be made symmetric about 0. Defaults to TRUE if the data includes negative values and to FALSE otherwise.
布尔值，指示是否应在0对称的颜色键。默认设置为TRUE，如果该数据包括负值，否则返回false。
参数：densadj
Numeric scaling value for tuning the kernel width when a density plot is drawn on the color key. Default to 0.25.
数字缩放值调整内核的宽度时，密度图上绘制的颜色键。默认为0.25。
参数：main
main title. defaults to none.
主标题。默认为none。
参数：xlab
x-axis label. defaults to none.
X轴标签。默认为none。
参数：ylab
y-axis label. defaults to none.
y轴的标签。默认为none。
参数：lmat
position matrix for visual layout. See details from the help page of heatmap.2.
位置矩阵的可视化布局。查看详细的帮助页面中heatmap.2。
参数：lhei
column height for visual layout. See details from the help page of heatmap.2
柱高度可视化的布局。查看详细的帮助页面heatmap.2
参数：lwid
column width for visual layout. See details from the help page of heatmap.2
列宽的可视化布局。查看详细的帮助页面heatmap.2
参数：...
additonal arguments passed on to image.
产生额外的参数传递给图像。
Details
详细信息----------Details----------
This function plots the heat map of microarray and RNA-Seq gene expression data by modifying the scripts of heatmap.2 in R. The main modifications include: (1) designing several distance measures derived from Gini correlation and other correlation methods; (2) providing the option of quanbreaks for RNA-Seq data.
此功能图（2）微阵列和RNA-Seq的基因表达数据的热图，通过修改脚本heatmap.2 R.的主要修改包括：（1）设计一些距离来自基尼相关及其他相关方法措施;提供选项RNA-Seq数据的quanbreaks。
值----------Value----------
A list with the following components:
以下组件列表：
参数：retval
a list with components of "rowInd" (row index of heat map from x), "colInd" (column index of heat map from x), "call" (the match call), "carpet" (reordered and scaled 'x' values used generate the main 'carpet'), "rowDendrogram" (row dendrogram), "colDendrogram" (column dendrogram), "breaks" (break points for binning x), "col" (colors used), and "colorTable" (a data frame providing the lower and upper bound and color for each bin).
“ROWIND”（热图从x行索引），的“colInd”（列索引的热图，从X），“呼”的比赛（调用）的组成部分，“地毯式”（重新排序和一个列表，规模x值产生的主要“地毯”），“rowDendrogram”（行聚类分析），的“colDendrogram”（列树状图），“打破”（打破点分级x），“中国网络”（颜色使用的话），和“colorTable”（一个数据框提供的下限和上限和颜色的各bin）。
参数：hcr
the values returned from gcc.hclust function for clustering individuals (e.g., genes) in row direction
行方向为聚类个人（例如，基因）的返回值gcc.hclust功能
参数：hcc
the values returned from gcc.hclust function for clustering individuals (e.g., genes) in column direction
gcc.hclust函数的返回值，聚类个人（例如，基因）在列方向
注意----------Note----------
This function clusters microarray and RNA-Seq gene expression data and plot heatmap by refining heatmap.2 function in gplots package. Therefore, most parameters and output values are defined similarly as those in heatmap.2.
此功能聚类芯片和RNA-Seq的基因表达数据和容积热图通过提炼heatmap.2功能在gplots包。因此，大多数的参数值和输出值的定义同样的那些在heatmap.2。
（作者）----------Author(s)----------
Chuang Ma, Xiangfeng Wang
参见----------See Also----------
gcc.dist, cor.matrix, gcc.hclust, gcc.tsheatmap.
gcc.dist，cor.matrix，gcc.hclust，gcc.tsheatmap。
实例----------Examples----------
## Not run: [＃不运行：]
data(rsgcc)
x <- rnaseq[1:50,]
ghm <- gcc.heatmap(x, cpus = 1, cormethod = "GCC",
distancemethod = "Raw", clustermethod = "complete", labRow = "")
## End(Not run)[＃（不执行）]
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
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发表于 2012-9-28 21:53:57
