R语言 affxparser包 readCelHeader()函数中文帮助文档(中英文对照)

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readCelHeader(affxparser)
readCelHeader()所属R语言包：affxparser

                                        Parsing the header of an Affymetrix CEL file
                                         解析Affymetrix公司为CEL文件头

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Reads in the header of an Affymetrix CEL file using the Fusion SDK.
读取头的Affymetrix公司为CEL使用融合的SDK文件。


用法----------Usage----------


readCelHeader(filename)



参数----------Arguments----------

参数：filename
the name of the CEL file.
为CEL文件的名称。


Details

详情----------Details----------

This function returns the header of a CEL file. Affymetrix operates with different versions of this file format. Depending on what version is being read, different information is accessible.
这个函数返回的CEL的文件头。 Affymetrix公司的经营与此文件格式的不同版本。根据正在阅读的是什么版本，不同的信息访问。


值----------Value----------

A named list with components described below. The entries are obtained from the Fusion SDK interface functions. We try to obtain all relevant information from the file.
与组件的命名名单如下所述。参赛作品获得融合SDK接口功能。我们尝试从文件中获取所有相关信息。


参数：filename
the name of the cel file.
CEL文件的名称。


参数：version
the version of the cel file.
CEL文件的版本。


参数：cols
the number of columns on the chip.
在芯片上的列数。


参数：rows
the number of rows on the chip.
在芯片上的行数。


参数：total
the total number of features on the chip. Usually equal to rows times cols, but since it is a separate attribute in the SDK we decided to include it anyway.
在芯片上的功能的总数。通常等于rows次cols，但因为它是单独的属性，我们决定把它列入反正在SDK中。


参数：algorithm
the algorithm used to create the CEL file.
所使用的算法，以创建为CEL文件。


参数：parameters
the parameters used in the algorithm. Seems to be semi-colon separated.
在该算法中使用的参数。似乎是分号分隔。


参数：chiptype
the type of the chip.
该芯片的类型。


参数：header
the entire header of the CEL file. Only available for non-calvin format files.
为CEL文件的整个头部。仅适用于非卡尔文格式的文件。


参数：datheader
the entire dat header of the CEL file. This contains for example a date.
整个DAT的CEL文件的标题。例如，它包含日期。


参数：librarypackage
the library package name of the file. Empty for older versions.
库文件包的名称。空的旧版本。


参数：cellmargin
a parameter used to generate the CEL file. According to Affymetrix, it designates the number of pixels to ignore around the feature border when calculating the intensity value (the number of pixels ignored are cellmargin divided by 2).
参数用来产生CEL的文件。根据Affymetrix公司，它指定的像素数计算强度值（忽略像素数是分为cellmargin 2）时，忽略周围的功能边界。


参数：noutliers
the number of features reported as outliers.
作为离群报告功能。


参数：nmasked
the number of features reported as masked.
多项功能为掩盖。


注意----------Note----------

Memory usage:the Fusion SDK allocates memory for the entire CEL file, when the file is accessed. The memory footprint of this function will therefore seem to be (rather) large.
使用记忆体：融合SDK分配的整个CEL文件的内存，当文件被访问。因此，这个函数的内存占用似乎是（相当）大。

Speed: CEL files of version 2 (standard text files) needs to be completely read in order to report the number of outliers and masked features.
速度：CEL文件的第2版（标准文本文件）需要以报告离群蒙面功能完全读取。


作者（S）----------Author(s)----------



James Bullard, <a href="mailto:bullard@stat.berkeley.edu">bullard@stat.berkeley.edu</a> and
Kasper Daniel Hansen, <a href="mailto:khansen@stat.berkeley.edu">khansen@stat.berkeley.edu</a>




参见----------See Also----------

readCel() for reading in the entire CEL file. That function also returns the header.  See affxparserInfo for general comments on the package and the Fusion SDK.
readCel()在整个CEL文件阅读。该函数也返回头。看到affxparserInfo封装和融合的SDK意见。


举例----------Examples----------


  # Scan current directory for CEL files[CEL文件扫描当前目录]
  files <- list.files(pattern="[.](c|C)(e|E)(l|L)$")
  if (length(files) > 0) {
    header <- readCelHeader(files[1])
    print(header)
    rm(header)
  }

  # Clean up[清理]
  rm(files)

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