randomDiana2means(adSplit)
randomDiana2means()所属R语言包:adSplit
Generate null-distributions of DLD-scores
生成空分布DLD分数
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Draws a number of random sets of probe-sets consisting of the needed size and applies diana2means to compute DLD scores.
绘制一个随机集所需的大小组成的探针集的数量,并适用于diana2means计算DLD分数。
用法----------Usage----------
randomDiana2means(nprobes, data, chip, ndraws = 10000,
ngenes = 50, ignore.genes = 5)
参数----------Arguments----------
参数:nprobes
the size of gene sets.
基因组的大小。
参数:data
a matrix of expression data, rows correspond to genes, columns to samples.
表达数据矩阵,行对应的基因,列样品。
参数:chip
the name of the used chip.
所使用的芯片的名称。
参数:ndraws
the number of DLD scores computed.
DLD分数计算。
参数:ngenes
the number of genes used to compute DLD scores (passed to diana2means).
用来计算DLD分数(通过diana2means)的基因数目。
参数:ignore.genes
the number of best scoring genes to be ignored when computing DLD scores (passed to diana2means)
最佳得分的基因数目计算DLD分数时被忽略(diana2means通过)
Details
详情----------Details----------
This function uses drawRandomPS to draw ndraws gene sets. On these it applies diana2means to determine a null-distribution of DLD-scores.
此功能使用drawRandomPS画ndraws基因集。它适用于对这些diana2means确定的DLD分数分布的空。
值----------Value----------
A vector of DLD-scores.
DLD分数向量。
作者(S)----------Author(s)----------
Joern Toedling, Claudio Lottaz
参见----------See Also----------
drawRandomPS, diana2means
drawRandomPS,diana2means
举例----------Examples----------
# prepare data[准备数据]
library(vsn)
library(golubEsets)
data(Golub_Merge)
# generate DLD scores[生成DLD分数]
scores <- randomDiana2means(20, exprs(Golub_Merge), "hu6800", ndraws = 500)
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