diana2means(adSplit)
diana2means()所属R语言包：adSplit
2-Means with Hierarchical Initialization
2是指具有层次初始化
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Split a set of data points into two coherent groups using the k-means algorithm. Instead of random initialization, divisive hierarchical clustering is used to determine initial groups and the corresponding centroids.
一组数据点分成两个相干组，使用k-means算法。而不是随机初始化，分裂层次聚类用来确定初始群体和相应的重心。
用法----------Usage----------
diana2means(mydata, mingroupsize = 5,
ngenes = 50, ignore.genes = 5,
return.cut = FALSE)
参数----------Arguments----------
参数：mydata
either an expression set as defined by the package Biobase or a matrix of expression levels (rows=genes, columns=samples).
无论是一个表达式设置包Biobase或表达水平的矩阵（行=基因，列=样本）的定义。
参数：mingroupsize
report only splits where both groups are larger than this size.
报告只分裂两组大于此大小。
参数：ngenes
number of genes used to compute cluster quality DLD-score.
数量来计算聚类质量DLD得分的基因。
参数：ignore.genes
number of best scoring genes to be ignored when computing DLD-scores.
最佳得分的基因数目计算DLD分数时被忽略。
参数：return.cut
logical, whether to return the attributions of samples to groups.
逻辑，是否返回样品归因，团体。
Details
详情----------Details----------
This function uses divisive hierarchical clustering (diana) to generate a first split of the data. Thereby, each column of the data matrix is considered to represent a data element. From the thus generated temptative groups, centroids are deduced and used to initialize the k-means clustering algorithm.
使用此功能的分裂层次聚类（戴安娜）产生的数据的第一次分裂。从而，被认为是数据矩阵的每一列代表一个数据元素。从由此产生的temptative组，重心推导和用来初始化k-means聚类算法。
For the split optimized by k-means the DLD-score is determined using the ngenes and ignore.genes arguments.
为优化分割的K-means进行DLD得分确定使用ngenes和ignore.genes参数。
值----------Value----------
If the logical return.cut is set to FALSE (the default), a single number is representing the DLD-score for the generated split is returned. Otherwise an object of class split containing the following elements is returned:
如果逻辑return.cut设置FALSE（默认），单数代表返回生成的分割DLD得分。否则，一个类的对象split返回包含以下元素：
参数：cut
one number out of 0 and 1 per column in the original data, specifying the split attribution.
一个数字0和1，每列的原始数据，指定分割的归属。
参数：score
the DLD-score achieved by the split.
进行DLD分割所取得的成绩。
作者（S）----------Author(s)----------
Joern Toedling, Claudio Lottaz
参见----------See Also----------
diana
diana
举例----------Examples----------
# get golub data[获得戈卢布数据]
library(vsn)
library(golubEsets)
data(Golub_Merge)
# use 10% most variable genes[使用10％的可变区基因]
e <- exprs(Golub_Merge)
vars <- apply(e, 1, var)
e <- e[vars > quantile(vars,0.9),]
# use diana2means to get splits and scores[使用diana2means到分裂和分数]
diana2means(e)
diana2means(e, return.cut=TRUE)
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 11:04:09
