R语言 ACME包 ACMESet-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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ACMESet-class(ACME)
ACMESet-class()所属R语言包：ACME

                                        Class "ACMESet"
                                         类“ACMESet”

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

An extension of ExpressionSet to deal with ACME data
与ACME数据处理扩展ExpressionSet


类的对象----------Objects from the Class----------

Objects can be created by calls of the form new("ACMESet",   assayData, phenoData, featureData, experimentData, annotation, exprs,   ...).  The exprs assayDataElement stores the data.  The featureData slot stores the chromosome location.  In practice, the data.frame underlying the featureData MUST contain three columns named chromosome, start, and end; this is enforced by the class validity method.
创建对象可以通过检测的形式new("ACMESet",   assayData, phenoData, featureData, experimentData, annotation, exprs,   ...)。 exprs assayDataElement存储数据。 featureData插槽存储在染色体上的位置。在实践中，基本featureData的数据框必须包含三列名为染色体，开始和结束;这是由一流的有效性的方法执行。


插槽----------Slots----------




assayData: Object of class "AssayData".  See
assayData类"AssayData"的对象。见




phenoData: Object of class "AnnotatedDataFrame" See
phenoData：Object类的"AnnotatedDataFrame"见




featureData: Object of class "AnnotatedDataFrame" See
featureData：Object类的"AnnotatedDataFrame"见




experimentData: Object of class "MIAME" See
experimentData：Object类的"MIAME"见




annotation: Object of class "character" See
annotation：Object类的"character"见




.__classVersion__: Object of class "Versions" See
.__classVersion__：Object类的"Versions"见


延伸----------Extends----------

Class "ExpressionSet", directly. Class "eSet", by class "ExpressionSet", distance 2. Class "VersionedBiobase", by class "ExpressionSet", distance 3. Class "Versioned", by class "ExpressionSet", distance 4.
类"ExpressionSet"，直接。类"eSet"，类“ExpressionSet”，距离为2。类"VersionedBiobase"，类“ExpressionSet”，距离3。类"Versioned"，类“ExpressionSet”，距离4。


方法----------Methods----------




chromosome signature(object = "ACMESet"): Accessor for
染色体signature(object = "ACMESet")：存取




end signature(x = "ACMESet"): Accessor for the end location for a probe.  If that is not known, this could be set to
结束signature(x = "ACMESet")：取值为探针的结束位置。如果不知道，这可以设置为




plot signature(x = "ACMESet"): A convenience plotting
图signature(x = "ACMESet")：一个很方便的绘制




start signature(x = "ACMESet"): Accessor for the start
启动signature(x = "ACMESet")：开始存取


作者（S）----------Author(s)----------


Sean Davis <sdavis2@mail.nih.gov>



参见----------See Also----------

ExpressionSet, ACMECalcSet
ExpressionSet，ACMECalcSet


举例----------Examples----------


showClass("ACMESet")
data(example.agff)
example.agff
head(chromosome(example.agff))
head(start(example.agff))
head(end(example.agff))

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