R语言 aCGH包 states.hmm.func()函数中文帮助文档(中英文对照)

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states.hmm.func(aCGH)
states.hmm.func()所属R语言包：aCGH

                                        A function to fit unsupervised Hidden Markov model
                                         一个功能，适合无监督的隐马尔可夫模型

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function is a workhorse of find.hmm.states. It operates on the individual chromosomes/samples and is not called directly by users.
这个函数是一个find.hmm.states的主力。它的工作对个人的染色体/样品，并不能由用户直接调用。


用法----------Usage----------


states.hmm.func(sample, chrom, dat, datainfo = clones.info, vr = 0.01,
                maxiter = 100, aic = FALSE, bic = TRUE, delta = 1,
                nlists = 1, eps = .01, print.info = FALSE,
                diag.prob = .99)



参数----------Arguments----------

参数：sample
sample identifier
样品标识


参数：chrom
chromosome identifier
染色体标识符


参数：dat
dataframe with clones in the rows and samples in the columns
列行和样品的克隆dataframe


参数：datainfo
dataframe containing the clones information that is used to map each clone of the array to a position on the genome. Has to contain columns with names Clone/Chrom/kb containing clone names, chromosomal assignment and kb positions respectively
dataframe含有克隆的信息用于映射数组的每个克隆到的基因组上的位置。包含列名称中含有克隆名称，染色体分配和kb的位置分别克隆/ chrom同时/ KB


参数：vr
Initial experimental variance
初步实验方差


参数：maxiter
Maximum number of iterations
最大迭代次数


参数：aic
TRUE or FALSE variable indicating whether or nor AIC criterion should be used for model selection (see DETAILS)
TRUE或FALSE的变量，表示AIC准则是否也应为模式选择（见详情）


参数：bic
TRUE or FALSE variable indicating whether or nor BIC criterion should be used for model selection (see DETAILS)
TRUE或FALSE的变量的BIC准则，是否也应为模型选择（见详情）


参数：delta
numeric vector of penalty factors to use with BIC criterion. If BIC is true, delta=1 is always calculated (see DETAILS)
数字矢量刑罚的因素，使用与BIC准则。如果是真实的BIC，δ= 1时总是计算（见详情）


参数：nlists
defaults to 1 when aic=TRUE, otherwise > 1
默认为1时，AIC = TRUE，否则> 1


参数：eps
parameter controlling the convergence of the EM algorithm.
参数控制的EM算法的收敛。


参数：print.info
print.info = T allows diagnostic information to be printed on the screen.  
print.info = T允许在屏幕上打印诊断信息。


参数：diag.prob
parameter controlling the construction of the initial transition probability matrix.  
参数控制建设的初始转移概率矩阵。


参见----------See Also----------

aCGH
aCGH

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注：
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