plotSummaryProfile(aCGH)
plotSummaryProfile()所属R语言包:aCGH
plotSummaryProfile
plotSummaryProfile
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function display the genomic events and tests for the differences between groups if they are specified.
此功能显示了基因组的事件,群体之间的差异和测试,如果他们被指定。
用法----------Usage----------
plotSummaryProfile(aCGH.obj,
response = as.factor(rep("All", ncol(aCGH.obj))),
titles = unique(response[!is.na(response)]),
X = TRUE, Y = FALSE, maxChrom = 23,
chrominfo = human.chrom.info.Jul03,
num.plots.per.page = length(titles),
factor = 2.5, posThres=100, negThres=-0.75)
参数----------Arguments----------
参数:aCGH.obj
an object of aCGH class.
aCGH类的对象。
参数:response
phenotype to compare. defaults to all the samples being analyzed together.
表型的比较。默认为所有样品一起分析。
参数:titles
titles for the groups, defaults to the name of the response
职称组,默认为response名称
参数:X
logical indicating whether X needs to be shown
逻辑表示X是否需要显示
参数:Y
logical indicating whether Y needs to be shown
逻辑说明是否需要显示Ÿ
参数:maxChrom
this parameter controls how many chromosomes will be plotted, from 1 to maxChrom
此参数控制多少染色体将被绘制,从1到maxChrom
参数:chrominfo
a chromosomal information associated with the mapping of the data
染色体相关的信息与数据的映射
参数:num.plots.per.page
number of frequency plots per page. Default is the number of groups
数目每页频率曲线。默认是组数
参数:factor
factor specifies the number by which experimental variability should be multiples. Used only when tumor specific variability in aCGH.obj is not NULL. Defaults to 2.5
factor指定的实验变异应该是倍数。仅用于肿瘤aCGH.obj特定变异时是不是NULL。默认2.5
参数:posThres
Threshold for gain. Set very high for homozygous deletion
增益阈值。定得很高,缺失
参数:negThres
Threshold for homozygous deletion
缺失的阈值
Details
详情----------Details----------
This function utilizes output of the find.genomic.events by plotting it and testing between groups. The test are performed using kruskal-wallis rank test.
此功能利用find.genomic.events策划和群体之间的测试输出。使用克鲁斯卡尔 - 沃利斯秩检验测试。
参见----------See Also----------
aCGH find.genomic.events
aCGHfind.genomic.events
举例----------Examples----------
data(colorectal)
## Plotting summary of the sample profiles[#绘制简易的样本概况]
plotSummaryProfile(colorectal)
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