findTrans.func(aCGH)
findTrans.func()所属R语言包：aCGH
Funtion identifying the transitions
funtion确定的过渡
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function identifies the start and end of the states (regions with the constant estimated copy number).
此功能标识的开始和结束的国家（区域）与恒定的拷贝数估计。
用法----------Usage----------
findTrans.func(outliers, aber, statesres)
参数----------Arguments----------
参数：outliers
Binary matrix of the outliers (generally output of the findOutliers.func)
离群值（一般findOutliers.func输出的二进制矩阵）
参数：aber
Binary matrix of the focal aberrations (generally output of the findAber.func)
焦像差（一般findAber.func输出二进制矩阵）
参数：statesres
The states output of the hmm.run.func
hmm.run.func输出
Details
详情----------Details----------
The transitions end is placed at the last non-focal aberration clone of the contiguous region containing clones belonging to the same state and transitions start is placed at the first non-focal aberration clone of the contiguous region containing clones belonging to the same state.
放置在转换结束的最后一个非焦点毗连区域属于相同的状态，并开始在毗连区域含有属于同一个国家的克隆畸变克隆的第一个非焦点放在转换含有克隆的畸变克隆。
值----------Value----------
参数：trans.matrix
Matrix with a row for each clone and column for each sample. The starts of the states are indicated by "1" , the end are by "2" and the focal aberrations are coded as "3"
一排每个样品每个克隆和列的矩阵。美国开始由“1”表示，最终是由“2”和焦像差编码为“3”
参数：translen.matrix
Matrix with a row for each clone and column for each sample. The entries are the length of the region to which a clone belongs. Zero length is assigned to the focal aberrations. This output may be buggy at the moment.
一排每个样品每个克隆和列的矩阵。条目是克隆属于该区域的长度。长度为零，被分配到焦像差。此输出可能是越野车的那一刻。
作者（S）----------Author(s)----------
Jane Fridlyand
参考文献----------References----------
data, Fridlyand et.al., JMVA, 2004.
参见----------See Also----------
aCGH
aCGH
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。
注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
|
发表于 2012-2-25 10:59:46
