R语言 aCGH包 fga.func()函数中文帮助文档(中英文对照)

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fga.func(aCGH)
fga.func()所属R语言包：aCGH

                                        Function to compute fraction of genome altered for each sample
                                         函数来计算每个样品改变基因组的一小部分

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function outputs lists containing proportions of the genome that are gained and lost for each sample.
此功能输出列表包含的基因组，每个样品获得和失去的比例。


用法----------Usage----------


fga.func(aCGH.obj, thres = 0.25, factor = 2.5,
         samplenames = sample.names(aCGH.obj),
         chrominfo = human.chrom.info.Jul03)



参数----------Arguments----------

参数：aCGH.obj
An object of aCGH class
的aCGH类的对象


参数：thres
either a vector providing unique threshold for each sample or a vector of the same length as number of samples providing sample-specific threshold. If 'aCGH.obj' has non-null 'sd.samples', then threshold is automatically replaced by tumor-specific sd multiplied by 'factor'. Clone is considered to be gained if it is above the threshold and lost if it is below negative threshold. Defaults to 0.25
无论是矢量提供独特的阈值，每个样品或提供样品特定阈值的样本数相同长度的向量。如果aCGH.obj“非空”sd.samples“，然后阈值时自动替换乘以因素”肿瘤特异性的SD。克隆被认为是上涨，如果它上面的阈值，并失去了，如果它是低于负阈值。默认为0.25


参数：factor
specifies the number by which experimental variability should be multiples. Used only when tumor specific variability in 'aCGH.obj' is not NULL or when factor is greater than 0. Defaults to 2.5.
指定的实验变异应该是倍数。只用时肿瘤aCGH.obj“特定的变异是不为NULL或因素是大于0时。默认为2.5。


参数：samplenames
Sample names. Default is sample.names(aCGH.obj)
样本名。默认是sample.names（aCGH.obj）


参数：chrominfo
A chromosomal information associated with the mapping of the data. Default is human.chrom.info.Jul03 data frame
染色体相关的信息与数据的映射。默认是human.chrom.info.Jul03数据框


值----------Value----------


参数：gainP
Vector of proportion of genome gained for each sample
每个样品获得的基因组比例的矢量


参数：lossP
Vector of proportion of genome lost for each sample
失去了每个样品的基因组比例的矢量


作者（S）----------Author(s)----------


Jane Fridlyand, Ritu Roydasgupta



举例----------Examples----------



data(colorectal)

col.fga <- fga.func(colorectal, factor=3,chrominfo=human.chrom.info.Jul03)
cbind(gainP=col.fga$gainP,lossP=col.fga$lossP)[1:5,]


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