R语言 aCGH包 computeSD.func()函数中文帮助文档(中英文对照)

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computeSD.func(aCGH)
computeSD.func()所属R语言包：aCGH

                                        Function to estimate experimental variability of a sample
                                         函数来估计样本的实验变异

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This functions estimate experimental variability of a given sample. This value can be used to rank samples in terms of the quality as well as to derive thresholds for declaring gained and lost clones.
这个功能估计一个给定的样本的实验变异。此值可用于排名在质量方面，以及获得阈值宣布获得和失去的克隆样本。


用法----------Usage----------


computeSD.Samples(aCGH.obj, maxChrom = 22, maxmadUse = .3,
                  maxmedUse = .5, maxState = 3, maxStateChange = 100,
                                  minClone = 20)
computeSD.func(statesres, maxmadUse = 0.2, maxmedUse = 0.2,
               maxState = 3, maxStateChange = 100, minClone = 20,
               maxChrom = 22)



参数----------Arguments----------

参数：aCGH.obj
Object of class aCGH.  
对象类aCGH。


参数：statesres
The states.hmm object, generally is the output of mergeFunc.  
states.hmm对象，一般是输出mergeFunc。


参数：maxmadUse
Maximum median absolute deviation allowed to controbute to the overall variability calculation.  
最大的中位数绝对偏差允许以controbute整体变异的计算。


参数：maxmedUse
Maximum median value for a state allowed to contribute to the calculation.  
允许一个国家的最大的中值计算。


参数：maxState
Maximum number of the states on a given chromosome for the states from that chromosome to be allowed to enter noise variability calculation.  
的最大数量的国家为美国，被允许进入计算噪声变异的染色体染色体。


参数：maxStateChange
Maximum number of changes from state to state on a given chromosome for that chromosome to enter  noise variability calculation.  
最大的变化，从州上输入噪声变异计算，染色体染色体数目。


参数：minClone
Minimum number of clones in a state for clones in that sate to enter variability calculation.  
在一个国家的最低数量，沙爹进入变异计算克隆克隆。


参数：maxChrom
Maxiumum chromosomal index (generally only autosomes are used for this calculation.  
maxiumum染色体指数（一般只有常染色体计算。


Details

详情----------Details----------

Median absolute deviation is estimated in all the states passing the criteria defined by the parameters of the function. Then median of all MADs on individual chromosomes as well as across all chromosomes is taken to estimate chromosomal  experimental variability and sample experimental variability.
中位数绝对偏差估计在所有的国家传递函数的参数定义的标准。然后对个别染色体，以及在所有染色体都MADS平均估计实验染色体变异和样品实验变异。


值----------Value----------


参数：madChrom
Returns a matrix containing estimated variability for each chromosome for each sample.
返回矩阵估计每个样品的每个染色体变异。


参数：madGenome
Returns a vector with estimate of experimental varibility for each sample.
返回向量估计，每个样品的实验变异性特性。


作者（S）----------Author(s)----------


Jane Fridlyand



参考文献----------References----------

array CGH data, Fridlyand et.al., JMVA, 2004

参见----------See Also----------

aCGH
aCGH

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