R语言 aCGH包 aCGH.test()函数中文帮助文档(中英文对照)

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aCGH.test(aCGH)
aCGH.test()所属R语言包：aCGH

                                        Testing association of aCGH clones with censored or continuous
                                         测试与审查或连续aCGH克隆

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

aCGH.test function tests for association of each clone in an univariate manner with censored or continous outcome by fitting Cox proportional hazards model or linear regression model. There is also an alternative to Cox prop. hazards - testing for differences in survival curves defined by the groups in the outcome variable using the G^ρ family of tests.
aCGH.test每个克隆协会的功能测试在单变量的方式与审查或连续拟合Cox比例风险模型或线性回归模型的结果。有也是考克斯支柱的替代品。危害 - 在定义使用G^ρ家庭测试结果变量组的生存曲线的差异测试。


用法----------Usage----------


aCGH.test(aCGH.obj, rsp, test = c("survdiff","coxph",
          "linear.regression"), p.adjust.method = "fdr",imputed=TRUE,
           subset = NULL, strt = NULL, ...)



参数----------Arguments----------

参数：aCGH.obj
aCGH object containing clones' log2 ratios.  
aCGH对象，其中包含克隆“的log2比率。


参数：rsp
Response variable which is either Surv object from survival package or continous outcome.
响应变量是要么Survsurvival包或连续结果的对象。


参数：test
Currently only three values are allowed - "coxph", "survdiff", and "linear.regression", which test for association using Cox proportional hazards model, G^ρ family of tests (survdiff) or linear model.  
目前，只有三个值允许 - “coxph”，“survdiff”，和“linear.regression”，为联想测验使用Cox比例风险模型，G^ρ家庭测试（survdiff）或线性模型。


参数：p.adjust.method
This is a parameter controlling how the p-values from the univariate tests are going to be adjusted for multiple testing. Default value is Benjamini & Hochberg (1995) FDR method. Please refer to p.adjust function for more help.
这是一个从单因素试验的p值如何将要调整多个测试参数控制。默认值是FDRBenjamini Hochberg（1995年）的方法。请参阅p.adjust更多的帮助功能。


参数：imputed
Whether imputed or original log2ratios should be used. Default is TRUE (imputed).
是否应采用估算或原log2ratios。默认值是TRUE（估算）。


参数：subset
Specifies subset index of clones to be tested.
指定克隆索引进行测试子集。


参数：strt
Aptional strata variable for splitting the data in different strata.
分裂在不同阶层的数据变量aptional阶层。


参数：...
Optional parameters passed further along to each of the univariate testing functions.
可选参数传递给每一个单变量的测试功能进一步。


值----------Value----------

A data frame similar to the result returned from mt.maxT function from multtest package with components:
mt.maxTmulttest包的功能与组件返回一个数据框类似的结果：


参数：index
Vector of row indices, between 1 and nrow(X), where rows are sorted first according to their adjusted p-values, next their unadjusted p-values, and finally their test statistics.  
矢量行指数，介于1和nrow(X)，行进行排序，首先根据他们调整p值，明年他们未经调整的p值，最后他们的测试统计。


参数：teststat
Vector of test statistics, ordered according to index. To get the test statistics in the original data order, use teststat[order(index)].  
向量测试统计，下令根据index。要获得原始数据以便在测试统计，使用teststat[order(index)]。


参数：rawp
Vector of raw (unadjusted) p-values, ordered according to index.  
原料（未经调整）p的值的向量，下令根据index。


参数：adjp
Vector of adjusted p-values, ordered according to index.  
调整p值的向量，下令根据index。


作者（S）----------Author(s)----------


Peter Dimitrov



参见----------See Also----------

aCGH, Surv, mt.maxT,
aCGH，Surv，mt.maxT

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注：
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