R语言 rphast包 plot.altmodel.tm()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plot.altmodel.tm(rphast)
plot.altmodel.tm()所属R语言包：rphast

                                        Make a bubble plot of a lineage-specific transition matrix of a...
                                         一个气泡图的种系特异性的过渡矩阵的...

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Make a bubble plot of a lineage-specific transition matrix of a
的种系特异性的过渡矩阵的一个气泡图


用法----------Usage----------


    alphabet=NULL, col=NULL, eq.freq.col=NULL, filled=TRUE, add=FALSE,
    ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
An object of type tm.
的对象类型tm。


参数：i
An integer identifying which element of tm[["alt.mod"]] to plot.
一个整数，确定哪些元素TM [“alt.mod”]]图。


参数：show.eq.freq
If TRUE, show bubbles representing equilibrium frequencies along the bottom of plot.
如果TRUE，显示气泡的底部代表平衡频率的图。


参数：max.cex
A scaling factor which determines the size of the largest circle
的比例系数的大小决定了最大的圆


参数：eq.freq.max.cex
A scaling factor which determines the size of the largest circle in the equilibrium frequencies.
比例因子的大小决定的最大的圆的平衡频率。


参数：alphabet
A character vector representing the state names for each row/column of the matrix.  Can either be a vector of size nrow(m) or a single character string with nrow(m) characters.  Can also be NULL for no row/column labels.
一个字符向量，代表国家的名称，每行/列的矩阵。可以是一个矢量的大小nrow(m)或一个单一的字符nrow(m)字符的字符串。也可以NULL没有行/列标签。


参数：col
If NULL, all circles will be drawn in black. Otherwise, col can be a matrix of the same dimension of m, each entry should indicate the color used for the corresponding cell in the transition matrix.
如果NULL，各界将黑色绘制。否则，彩色可以的m具有相同维数的矩阵，每个条目应该表明过渡矩阵的相应单元格中使用的颜色。


参数：eq.freq.col
Should be vector of same length as eq.freq, though values will be recycled. Values in the vector indicate colors to draw the equilibrium frequency bubbles.
如果相同的长度为eq.freq的是矢量，虽然值将被回收利用。向量中的值表示的颜色来绘制平衡频率气泡。


参数：filled
If TRUE, plot filled circles.
如果TRUE，图实心圆。


参数：add
If TRUE, add to the existing plot.  Otherwise create a new plot.
如果TRUE，添加到现有的图。否则，创建一个新的图。


参数：...
Further arguments to be passed to plot.
进一步的参数被传递给plot。


（作者）----------Author(s)----------


Melissa J. Hubisz



实例----------Examples----------


require("rphast")
exampleArchive <- system.file("extdata", "examples.zip", package="rphast")
filename <- "rev.mod"
unzip(exampleArchive, filename)
tm <- read.tm(filename)
tm <- add.alt.mod(tm, branch="mm9", subst.mod="HKY85")
plot.altmodel.tm(tm, 1)
tm$alt.model$backgd <- c(0.9, 0.05, 0.03, 0.02)
plot.altmodel.tm(tm, 1)
plot.rate.matrix(tm[["rate.matrix"]], eq.freq=tm[["backgd"]], filled=FALSE, alphabet=tm[["alphabet"]])
unlink(filename)

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