R语言 rphast包 phyloP.prior()函数中文帮助文档(中英文对照)

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phyloP.prior(rphast)
phyloP.prior()所属R语言包：rphast

                                        phyloP prior
                                         phyloP前

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Prior distribution on number of substitutions
在此之前换人数分布


用法----------Usage----------


    outfile.only=FALSE, quantiles=FALSE, epsilon=1e-10)



参数----------Arguments----------

参数：mod
An object of class tm representing the neutral model.
对象的类tm中性模型。


参数：nsites
The number of sites in the alignment
在对齐的站点数


参数：subtree
Character string specifying the name of a node in the tree. If given, partition the tree into the subtree beneath the node and the complementary supertree, and compute joint number of substitutions in the sub/supertree.  The branch above the specified node is included in the subtree.
字符串指定树中的节点的名称。如果给出，分区到下方的节点的子树和互补supertree的树，并计算联合取代在子/ supertree的，数。分支中指定的节点的子树中。


参数：branches
A vector of character strings givingi the names of branches to consider in the subtree.  The remaininig branches are in the supertree.  Return joint distribution of number of substitutions in sub/supertree.
阿的字符串向量givingi考虑的子树中的分支名称。的remaininig分支中的supertree的。返回数量在分/ supertree的替代的联合分布。


参数：outfile
Character string.  If given, write results to given file.
字符的字符串。如果给定的，结果写入给定的文件。


参数：outfile.only
Logical.  If TRUE, do not return any results to R (this may be useful if results are very large).
逻辑。如果TRUE，不返回任何结果R（如果结果是非常大的，这可能是有用的）。


参数：quantiles
Logical.  If TRUE, report quantiles of distribution rather than whole distribution.
逻辑。如果TRUE，报告位数的分布，而不是整个分布。


参数：epsilon
Numeric value indicating the thhreshold used in truncating tails of distributions; tail probabilities less than this value are discarded.  This only applies to the right tail.
数字值，表示的thhreshold截断尾巴的分布;尾概率小于这个值将被丢弃。这仅适用于右尾。


值----------Value----------

A data.frame.  If quantiles=FALSE, the columns will be the number of substitutions and their probability under the null model. If quantiles=TRUE, there will be 101 rows with the 0, 0.05, ..., 1.0th
数据框。如果位数= FALSE，列将替换下空模型及其概率的数量。如果位数= TRUE，将有101行的0，0.05，...，1.0th

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