R语言 rphast包 pairwise.diff.msa()函数中文帮助文档(中英文对照)

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pairwise.diff.msa(rphast)
pairwise.diff.msa()所属R语言包：rphast

                                        Get pairwise differences per site between sequences...
                                         获取序列两两站点之间的差异每...

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Get pairwise differences per site between sequences
成对每个站点之间的差异序列


用法----------Usage----------





参数----------Arguments----------

参数：x
An object of type msa
的对象类型msa，


参数：seq1
A character vector or integer index indicating seq1 (see Value)
字符向量表示SEQ1（请参见值或整数索引）


参数：seq2
A character vector of integer index indicating seq2.  Can only be provided if seq1 is provided.
字符向量整数指标SEQ2。只能如果SEQ1提供，提供。


参数：ignore.missing
A logical value indicating whether to compare sites where either sequence has missing data.
一个逻辑值，该值指示是否比较网站，缺少任一序列数据。


参数：ignore.gaps
A logical value indicating whether to compare sites where either sequence contains a gap.
一个逻辑值，该值指示是否比较网站，无论是序列中包含一定的差距。


值----------Value----------

If seq1 and seq2 are provided, returns a numeric value giving the fraction of sites in the alignment where seq1 and seq2 differ (or zero if there are no sites to compare).  If seq1 is provided and seq2 is NULL, returns a numeric vector giving this value for seq1 compared to every sequence (including itself; order of results is same as order of sequences in alignment).  If both seq1 and seq2 are NULL, returns a matrix
如果SEQ1和SEQ2，返回一个数字值给的分数的网站SEQ1和SEQ2不同的对齐（或零，如果没有网站比较）。如果提供了SEQ1和SEQ2是NULL，则返回一个数值向量，给这个SEQ1的每一个序列（包括其本身的价值，结果顺序是相同的序列排列的顺序）。如果SEQ1和SEQ2是NULL，则返回一个矩阵


（作者）----------Author(s)----------


Melissa J. Hubisz



参见----------See Also----------

ninf.msa To count the number of non-gap and non-missing character
ninf.msa无间隙和不可缺失的字符数一数

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。