R语言 rphast包 mod.backgd.tm()函数中文帮助文档(中英文对照)

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mod.backgd.tm(rphast)
mod.backgd.tm()所属R语言包：rphast

                                        Adjust tree model background frequencies while maintaining reversibility...
                                         调整树模型的背景频率，同时保持可逆性...

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Adjust tree model background frequencies while maintaining reversibility
树模型的背景频率调整，同时保持可逆性


用法----------Usage----------





参数----------Arguments----------

参数：tm
An object of type tm
的对象类型tm，


参数：new.backgd
A numeric vector of length 4 giving the background frequencies of A,C,G,T
给的A，C，G，T的背景频率的一个数值向量的长度为4


参数：gc
(Alternative to new.backgd) A numeric value giving the GC content, which is used to calculate new background frequencies. Assumes freq(C)==freq(G)==gc/2, and freq(A)==freq(T)==(1-gc)/2
（替代new.backgd）提供的GC含量的数值，它是用来计算新的背景频率。假定频率（C）==频率（G）== gc的/ 2，和频率（A）==频率（T）==（1-gc的）/ 2


注意----------Note----------

Currently only works with models of order 0, without lineage-
目前仅适用于0阶的模型，没有谱系


（作者）----------Author(s)----------


Melissa J. Hubisz and Adam Siepel



实例----------Examples----------


require("rphast")
exampleArchive <- system.file("extdata", "examples.zip", package="rphast")
filename <- "rev.mod"
unzip(exampleArchive, filename)
tm <- read.tm(filename)

# change background frequencies to new value, adjusting rate matrix[改变背景的频率，以新的价值，调整率矩阵]
mod.backgd.tm(tm, c(0.25, 0.25, 0.25, 0.25))

# change background frequencies so that GC content is 0.6[改变背景的频率，以便GC含量为0.6]
mod.backgd.tm(tm, gc=0.6)

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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