R语言 rphast包 informative.regions.msa()函数中文帮助文档(中英文对照)

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informative.regions.msa(rphast)
informative.regions.msa()所属R语言包：rphast

                                        Get informative regions of an alignment...
                                         获取的信息的区域的取向...

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Get informative regions of an alignment
获取的信息的区域的取向


用法----------Usage----------





参数----------Arguments----------

参数：x
An object of type msa.
的对象类型msa。


参数：min.numspec
The minimum number of species with non-missing data required for an alignment column to be considered informative.
种与非缺失的数据所需的取向要考虑的信息的列的最小数目。


参数：spec
A character vector of species names, or an integer vector of species indices.  Only data in the named species count towards deciding if a site is informative.  The default value of NULL implies use all species in the alignment.
字符向量的物种名称，或物种指数的整数向量。只有在命名的物种的数据计算决定，如果一个网站是信息。 NULL的默认值，意味着使用所有物种中的对齐方式。


参数：refseq
Defines the frame of reference for the return value.  Should be a character vector with the name of one of the sequences in the alignment, or NULL to indicate use the frame of reference of the entire alignment.
定义的返回值的参考框架。应该是一个字符向量的名称序列中的对齐方式之一，或NULL表示使用的整个路线的参考框架。


参数：gaps.inf
Logical value indicating whether a gap should be considered informative.  The default value of FALSE indicates that gaps as well as missing data are not counted as informative.
逻辑值，该值指示是否应考虑信息的差距。 FALSE的默认值表示，差距以及丢失的数据不计入的信息。


值----------Value----------

An object of type feat indicating the regions of the alignment which meet the informative criteria.  Note that unless refseq==NULL, columns with gaps in the reference sequence will be ignored, and will fall in "informative" or "uninformative"
类型的对象，feat表明该区域的对齐方式符合信息标准。请注意，除非refseq==NULL，列与参考序列中的空白将被忽略，并且将倒在“信息”或“无信息”


注意----------Note----------


（作者）----------Author(s)----------


Melissa J. Hubisz and Adam Siepel



实例----------Examples----------


require("rphast")
m <- msa(seqs=c("A--ACGTAT-", "AG-AGGTAA-", "AGGAGGTA--"),
         names=c("human", "mouse", "rat"))
informative.regions.msa(m, 1, refseq=NULL)
informative.regions.msa(m, 3, refseq=NULL)
informative.regions.msa(m, 3, refseq="mouse", spec=c("mouse", "rat"))

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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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