R语言 rphast包 col.expected.subs.msa()函数中文帮助文档(中英文对照)

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col.expected.subs.msa(rphast)
col.expected.subs.msa()所属R语言包：rphast

                                        Obtain expected number of substitutions on each branch for each site...
                                         获得预期的数量为每个站点上的每个分支的替代...

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Obtain expected number of substitutions on each branch for each site
每个分支上的每个站点取得预期换人


用法----------Usage----------





参数----------Arguments----------

参数：x
An object of type msa
的对象类型msa，


参数：tm
An object of type tm
的对象类型tm，


值----------Value----------

An array giving the expected number of substitutions on each
给预期数量的取代的数组，在每个


（作者）----------Author(s)----------


Melissa J. Hubisz and Adam Siepel



实例----------Examples----------


require("rphast")
exampleArchive <- system.file("extdata", "examples.zip", package="rphast")
unzip(exampleArchive, "ENr334.maf")
m <- read.msa("ENr334.maf")
mod <- phyloFit(m, tree="((hg18,(mm9,rn4)),canFam2)")
x <- col.expected.subs.msa(sub.msa(m, start.col=41447839, end.col=41448033, refseq="hg18"), mod)
dim(x)
dimnames(x)
x["mm9-rn4","CCTT",,]

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