R语言 rphast包 base.freq.msa()函数中文帮助文档(中英文对照)

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base.freq.msa(rphast)
base.freq.msa()所属R语言包：rphast

                                        Get the frequencies of characters in an alignment...
                                         获取字符的取向的频率...

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Get the frequencies of characters in an alignment
获取的频率中的字符的取向


用法----------Usage----------





参数----------Arguments----------

参数：x
An object of type msa
的对象类型msa，


参数：seq
A vector of character strings identifying the sequence(s) to get base frequencies for.  If NULL, use all sequences.
一个向量的字符串识别序列（S）基频。如果NULL，使用的所有序列。


参数：ignore.missing
If TRUE, ignore missing data characters ("N" and "?").
如果是TRUE，忽略丢失的数据字符（“N”和“？”）。


参数：ignore.gaps
If TRUE, ignore gaps.
如果是TRUE，忽略空白。


值----------Value----------

A data frame with one row for each unique state (usually "A", "C", "G", "T", and possibly "N", "?", "-", counts for
一个数据框带有一个行的每一个独特的国家（通常是“A”，“C”，“G”，“T”，而可能是“N”，“？”，“ - ”，计数


注意----------Note----------

Does not work with msa objects stored as a pointer to a C structure.
不工作与MSA对象存储为一个指针，指向一个C结构。


（作者）----------Author(s)----------


Melissa J. Hubisz



参见----------See Also----------

statfreq.msa, which gets observed frequencies of states in an alignment with respect to a substitution model, and works for
statfreq.msa，被观察到的频率对齐的状态，替代模型，和工程

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