add.alt.mod(rphast)
add.alt.mod()所属R语言包：rphast
Add a lineage-specific model...
新增一系特异性的模型...
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Add a lineage-specific model
添加特定的血统模型
用法----------Usage----------
const.params=NULL, rate.matrix=NULL, backgd=NULL, selection=NULL,
bgc=NULL)
参数----------Arguments----------
参数：x
An object of type tm
的对象类型tm，
参数：branch
If the lineage-specific model applies to a single branch, it can be named here using the name of the node which descendes from the branch. See name.ancestors for naming internal nodes.
如果沿袭特定的模型，适用于一个分支，它可以被命名为这里使用的的节点descendes从分支的名称。见name.ancestors命名的内部节点。
参数：label
(Alternative to branch). The label which identifies the branch(es) which this lineage-specific model should apply to. Labels are denoted in a tree with a pound sign and label following the node. See label.branches and label.subtree to add a label to a tree.
（替代分公司）。该标签标识（ES），此系特定的模式应该适用于分支。标签是表示与一个磅符号和标签树中的节点。见label.branches和label.subtree添加标签树。
参数：subst.mod
A character string indicating the substitution model to be used for the lineage-specific model. If NULL, use the same model as the rest of the tree. See subst.mods for a list of possible substituion models.
一个字符串表示的替代模型，用于系的具体型号。如果NULL，使用相同的模型，其余的树。见subst.mods的列表，可以置换的模型。
参数：separate.params
(Only applies if subst.mod is the same as main model) A vector of character strings indicating which parameters to estimate separately. Possible values are "kappa", "sel", "bgc", "gap_param", "backgd", and "ratematrix". If backgd, selection, or bgc are provided as arguments, they are automatically considered separate parameters and do not need to be explicitly listed here. "ratematrix" implies all parameters describing the substitution model (but does not include backgd, sel, or bgc). Boundaries can be optionally appended to parameter names with brackets, ie, "kappa[1,10]" will set boundaries for kappa between 1 and 10 (see "Parameter boundaries" section of phyloFit). If subst.mod is different from the main model, then no parameters are shared with main model. However the equilibrium frequencies can be shared by setting backgd to NULL.
（仅适用于，如果subst.mod的主力机型相同）的矢量字符的字符串，指示哪些参数估计分别。可能的值是“卡伯”，“sel”的，“BGC”，“gap_param”，“backgd”，和“ratematrix”。 ，如果backgd，选择，或BGC作为参数提供的，他们被自动认为是单独的参数，并不需要显式地列在这里。 “ratematrix”意味着所有参数的替代模型（但不包括backgd，SEL，或BGC）。边界可以任选与括号，即所附的参数名，“卡伯[1,10]”，将设置分界卡伯1和10之间（参见“参数边界”一节phyloFit）。如果subst.mod是不同的主力机型，然后不带任何参数与主模型共享。然而，平衡频率可以共享由设置的backgd为NULL。
参数：const.params
A character vector indicating which parameters to hold constant at their initial values, rather than being optimized upon a call to phyloFit. Possible values are the same as for separate.params.
字符向量的参数保持不变，它们的初始值，而不是优化后调用phyloFit。可能的值是为separate.params相同。
参数：backgd
The initial equilibrium frequencies to use for this model. If NULL, use the same as in the main model.
最初的平衡频率使用这种模式。如果NULL，使用相同的主力机型。
参数：rate.matrix
The initial rate matrix to use for this model. If NULL, initialize to main model. If provided, and selection and/or bgc are provided, assume that rate matrix is already scaled
使用这种模式的初始速率矩阵。如果NULL，初始化为主力机型。如果提供，选择和/或BGC中所提供，假设已缩放该速率矩阵
参数：selection
The selection parameter (from the sel+bgc model).
选择参数（SEL + BGC模型）。
参数：bgc
The bgc parameter (from the sel+bgc model).
BGC的参数（SEL + BGC模型）。
Details
详细信息----------Details----------
Lineage-specific models allow a different substitution model to be defined on a specified set of branches. An entirely different substitution model can be used, as long as it is of the same order and has the same number of states as the model used in the rest of the tree. Or, if the same substitution model is used, certain parameters can be optimized separately from the main model, whereas others are shared with the main model.
天堂特定的模型，允许不同的替代模型上定义一组指定的分支机构。一个完全不同的替代模型可以使用，只要它是相同的顺序，并具有相同的作为树的其余部分中使用的模型的状态数。或者，如果使用相同的替代模型，某些参数可以优化单独的主力机型，而另一些共享的主要模式。
A lineage-specific model is stored as a list with the following elements: defn, rate.matrix, and optional elements backgd, selection, bgc.
作为一个列表包含下列元素：defn，rate.matrix，可选的元素backgd，选择，BGC的血统特定的模型，存储。
defn is a character string which defines the model in a way that phast can parse; it is a colon-delimited string with 2 or 3 elements. The first element indicates which branches the model applies to, the second indicates which substitution model to use or which parameters to optimize if the same substitution model is used (and also may impose boundaries on these parameters). The optional third element is a list of parameters which will not be optimized by phyloFit.
defn，PHAST可以解析的方式，一个字符串，定义模型，它是一个冒号分隔的字符串，2个或3个元素的。模式适用于分支的第一个元素，第二个表示使用或替代模型的参数优化，如果使用相同的替代模型（也可以并处这些参数的边界上）。可选的第三个元素是这将不会优化phyloFit的的参数列表。
rate.matrix is the initial rate.matrix to use for this model.
rate.matrix是最初的rate.matrix，使用这种模式。
backgd is the initial set of equilibrium frequencies for this model; if not present, then the equilibrium frequencies will be shared with the main model.
backgd的初始设置为这种模式的平衡频率;如果不存在，那么均衡的频率将被共享的主要模式。
selection and bgc are optional parameters for the model with biased gene conversion and selection. If they are not provided this model is not used.
选择和BGC偏见的基因转换和选择的模型参数是可选的。如果它们不提供此模型不被使用。
A tree model can have multiple lineage-specific models; if a later model applies to the same branch as an earlier model, then the later one overrides it.
树模型可以有多个血统的具体型号，如果后续的模型适用于在同一个分支较早型号的，然后后来覆盖它。
All lineage-specific models are stored in the alt.mod element
所有的种系特异性的模型存储在alt.mod元素
值----------Value----------
An object of type tm, identical to the input model but with a new lineage-specific model added on. This lineage-specific model
类型的对象，tm，相同的输入模型，而是一个新的种系特异性模型上添加。这个谱系特定的模型，
（作者）----------Author(s)----------
Melissa J. Hubisz
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-9-27 23:54:36
