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R语言 mmod包 pairwise_Gst_Nei()函数中文帮助文档(中英文对照)

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发表于 2012-9-23 12:54:43 | 显示全部楼层 |阅读模式
pairwise_Gst_Nei(mmod)
pairwise_Gst_Nei()所属R语言包:mmod

                                        Calculates pairwise values of Nei's Gst
                                         计算两两值NEI的商品及服务税(GST)

                                         译者:生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function calculates Nei's Gst, a measure of genetic differentiation, between all combinations of populaitons in a genind object.
此函数计算Nei的商品及服务税(GST),衡量的遗传分化,所有组合之间,董普在一个genind的对象。


用法----------Usage----------


  pairwise_Gst_Nei(x, linearized = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数:x
genind object (from package adegenet)
genind对象(包adegenet中)


参数:linearized
logical, if TRUE will turned linearized Gst (1/(1-Gst))
逻辑,真将变成线性的商品及服务税(GST)(1 /(1  - 消费税))


值----------Value----------

dist A distance matrix with between-population values of Gst
区的距离矩阵之间的人口值的商品及服务税(GST)


参考文献----------References----------

populations. PNAS: 3321-3323.
and gene diversities. Annals of Human Genetics. 47: 253-259.

参见----------See Also----------

Other Nei: Gst_Nei
其他妮:Gst_Nei

Other pairwise: pairwise_D, pairwise_Gst_Hedrick
其他成对的:pairwise_D,pairwise_Gst_Hedrick


实例----------Examples----------


data(nancycats)
pairwise_Gst_Nei(nancycats[1:26,])

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注:
注1:为了方便大家学习,本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成,仅供个人R语言学习参考使用,生物统计家园保留版权。
注2:由于是机器人自动翻译,难免有不准确之处,使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解,可以帮助R语言的学习。
注3:如遇到不准确之处,请在本贴的后面进行回帖,我们会逐渐进行修订。
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发表于 2015-4-16 09:50:47 | 显示全部楼层
你好,请问对于几条DNA序列的fas文件,用mmod包算Gst_nei, 我的格式对吗?我运行不起来。提示错误如下:
Error in (function (classes, fdef, mtable)  :
  unable to find an inherited method for function ‘seppop’ for signature ‘"character"


我的fas文件:
>A1
AACTTTATATTTTATTTTTG
>A2
AACTTTATATTTTATTTTTG
>A3
AACTTTATATTTTATTTTTG
>A4
AACTTTATATTTTATTTTTG

希望您能抽空回复我一下,万分感激!

winterring
dongxue1027.love@163.com
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